当前解析结果
SmilChr06G001075| 统一新 Gene ID | SmilChr06G001075 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr06G001075 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr06G001075 |
| 染色体 / SeqID | Chr06 / NC_080392.1 |
| 坐标与链方向 | 10651448 - 10655456 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130988597 |
|---|---|
| GeneID | 130988597 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130988597 |
| 原始查询 | SmilChr06G001075 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | confidence=no_hit |
| 产物 | confidence=no_hit |
| Arabidopsis | -- |
| Rice | -- |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF29457 (ILR2-like) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130988597 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057768462.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.80000 | XP_057768462.1 |
| 3 | Secreted | 分泌到胞外 | 0.40000 | XP_057768463.1 |
| 4 | Chloroplast | 叶绿体 | 0.40000 | XP_057768463.1 |
| 5 | Nucleoplasm | 核质 | 0.20000 | XP_057768462.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr6:10653946 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B1,D11 |
Chr6:10654000 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B106,B108,B13,B49,B53 |
Chr6:10654007 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C71 |
Chr6:10654051 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C87 |
Chr6:10654301 |
CCT |
C |
2bp_deletion | frameshift_variant | 3 | A21,B28,D5 |
Chr6:10654301 |
CCT |
C |
2bp_deletion | CDS_variant | 3 | A21,B28,D5 |
Chr6:10654543 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B106,B108,B13,B53 |
Chr6:10654847 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B24,C8 |
Chr6:10654901 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B106,B108,B13,B53,C12 |
Chr6:10654909 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 1 | A18 |
Chr6:10654909 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A18 |
Chr6:10654925 |
CA |
C |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | C80 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057768462.1PF29457
ILR2-like 91-296 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057768462.1 |
Pfam | PF29457 |
ILR2-like | Domain | 91 | 296 | 8.3e-29 | 101.8 | IAA-leucine resistant protein |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
3 records
下载 cDNA FASTA2 records
下载 CDS FASTA2 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。