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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G001076

染色体: Chr06 坐标: 10659329-10661088 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G001076
名称SmilChr06G001076
描述patatin-like protein 2
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向10659329 - 10661088 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130988598
GeneID130988598
locus_tag-
NCBI NameLOC130988598
原始查询SmilChr06G001076

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述patatin-like protein 2
产物patatin-like protein 2
ArabidopsisAT2G26560 (PLA2A)
phospholipase A 2A [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817197]
identity=54; qcov=0.98; evalue=3.41e-147; confidence=high
RiceOs08g0477100 (OspPLAIIepsilon)
-
identity=53.6; qcov=0.972; evalue=8.51e-149; confidence=high
GOGO:0004620 (glycerophospholipase activity); GO:0006629 (lipid metabolic process); GO:0047372 (monoacylglycerol lipase activity)
KEGG-
PfamPF01734 (Patatin)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130988598

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057768464.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057768464.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057768464.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057768464.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057768464.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:10659647 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D6
Chr6:10659665 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B1,D11
Chr6:10659828 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B53,C43,C78
Chr6:10659880 ACC A 2bp_deletion frameshift_variant 1 B115
Chr6:10659880 ACC A 2bp_deletion CDS_variant 1 B115
Chr6:10659910 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C68
Chr6:10659918 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C6
Chr6:10660158 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B2,C23,C83,D4

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057768464.1
397 aa
N
1
198
397
Patatin
C
PF01734 Patatin 14-218 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057768464.1 Pfam PF01734 Patatin Domain 14 218 8.2e-26 92.1 Patatin-like phospholipase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057912481.1
TTGAGACGAAAGAAAGATCACATAAGAATCCGATTAGAGTCGTGAAAAATGAGAATTATATTCCTAACCTAAAAGGCATATATCTATAAGGACATGATTGATGAGTGATACACAATAATTAAGAAATATGGCTCCTGATCCCAAAAAGGGAAGCCTTGTAACCATCCTGAGCATCGATGGAGGCGGGATCAGAGGCATAATCCCTGCTAAAATTCTTGCATTTCTTGAATCCAAGCTCCAGGAGCTAGATGGAGCAGATG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130988598
ATGGCTCCTGATCCCAAAAAGGGAAGCCTTGTAACCATCCTGAGCATCGATGGAGGCGGGATCAGAGGCATAATCCCTGCTAAAATTCTTGCATTTCTTGAATCCAAGCTCCAGGAGCTAGATGGAGCAGATGCAAGAATTGCAGATTACTTCGACATAGTAGCCGGAACGAGCACGGGAGGGTTGCTAGCCACCATGATCACCGCCCCCAACCACCATAACCGCCCTATGTATGCAGCAGAGGACATCATCGACTTCTA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057768464.1
MAPDPKKGSLVTILSIDGGGIRGIIPAKILAFLESKLQELDGADARIADYFDIVAGTSTGGLLATMITAPNHHNRPMYAAEDIIDFYLNQCPTFFPGCDRHNVLKTLKNLFGPKYNGRCLRALLKEQLGDITIKETLTNLVILAFDIKRLQPVIFTTKDAKEKAYRDAKLCDICIGTSAAPTFLPAHYFETVDEDGDVTTYDLIDGGVAANNPTLIAISQISNGILAGDSEYVEMEPLDSSKLLVLSLGTGIPKQAEKYS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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