当前解析结果
SmilChr06G001082| 统一新 Gene ID | SmilChr06G001082 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr06G001082 |
| 描述 | BTB/POZ domain-containing protein At3g50780 |
| 染色体 / SeqID | Chr06 / NC_080392.1 |
| 坐标与链方向 | 10790071 - 10793663 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130988603 |
|---|---|
| GeneID | 130988603 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130988603 |
| 原始查询 | SmilChr06G001082 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | BTB/POZ domain-containing protein At3g50780 |
| 产物 | BTB/POZ domain-containing protein At3g50780 |
| Arabidopsis | AT3G50780 (AT3G50780)BTB/POZ domain protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824242] identity=61.8; qcov=0.983; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os03g0769400 (OSJNBb0106M04.9)- identity=58; qcov=0.994; evalue=0; confidence=high |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF25553 (BTB-POZ_ANK-like) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130988603 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057768469.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057768469.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.40000 | XP_057768469.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057768469.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057768469.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr6:10791386 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C12 |
Chr6:10791447 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B130,B41,B44,C65 |
Chr6:10791576 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B130,B41,B44,C65 |
Chr6:10791699 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B52,B70,B71,C62 |
Chr6:10791716 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C9 |
Chr6:10792453 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B28,C82 |
Chr6:10792498 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 14 | A14,A19,A7,B20,B33,B35,B40,B51,B66,B83,C23,C76,C78,C8 |
Chr6:10792510 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B108,B123,B62 |
Chr6:10792602 |
C |
CA |
1bp_insertion | frameshift_variant | 72 | A11,A15,A18,A21,A24,B10,B101,B102,B105,B107,B112,B120,B124,B126,B127,B129,B130,B131,B14,B18,B27,B28,B30,B40,B44,B45,B46,B49,B55,B57,B59,B66,B70,B77,B80,B81,B82,B85,B88,B9,B93,C12,C13,C14,C2,C22,C24,C27,C29,C31,C33,C34,C37,C40,C42,C43,C47,C49,C51,C55,C58,C62,C67,C68,C69,C7,C73,C76,C79,C86,C9,D4 |
Chr6:10792645 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B76 |
Chr6:10792678 |
A |
AG |
1bp_insertion | frameshift_variant | 1 | C49 |
Chr6:10792678 |
A |
AG |
1bp_insertion | CDS_variant | 1 | C49 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057768469.1PF25553
BTB-POZ_ANK-like 278-515 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057768469.1 |
Pfam | PF25553 |
BTB-POZ_ANK-like | Repeat | 278 | 515 | 4.1e-58 | 197.4 | BTB/POZ Ankyrin-like repeat |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。