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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G001086

染色体: Chr06 坐标: 10868618-10872009 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G001086
名称SmilChr06G001086
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At5g66631
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向10868618 - 10872009 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130988607
GeneID130988607
locus_tag-
NCBI NameLOC130988607
原始查询SmilChr06G001086

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At5g66631
产物pentatricopeptide repeat-containing protein At5g66631
ArabidopsisAT5G66631 (AT5G66631)
Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:6240924]
identity=53.6; qcov=0.96; evalue=0; confidence=high
RiceOs01g0167750
-
identity=44.9; qcov=0.972; evalue=9.87e-168; confidence=medium
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF12854 (PPR_1); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3); PF23276 (TPR_24)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130988607

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057768476.1
2 Chloroplast 叶绿体 0.40000 XP_057768476.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057768476.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057768476.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057768476.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:10869011 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B44,D2,D6
Chr6:10869182 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A4,B130,C65
Chr6:10869394 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B15
Chr6:10869635 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B115,B134,B71,C47
Chr6:10869647 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B114
Chr6:10869862 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B115,B71,C47
Chr6:10870278 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B137,B139,B32,C4,C48
Chr6:10870314 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B28,C82,D11
Chr6:10870340 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A4,B130,C65
Chr6:10870553 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr6:10870762 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B130,C65
Chr6:10870819 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D3

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057768476.1
667 aa
N
1
334
667
PPR_2
PPR
PPR_3
PPR_3
PPR
PPR
PPR_3
TPR_24
PPR_3
PPR_1
PPR_2
PPR
C
PF13041 PPR_2 173-219 aa PF01535 PPR 177-205 aa PF13812 PPR_3 178-218 aa PF13812 PPR_3 197-255 aa PF01535 PPR 212-236 aa PF01535 PPR 487-516 aa PF13812 PPR_3 507-565 aa PF23276 TPR_24 531-609 aa PF13812 PPR_3 549-590 aa PF12854 PPR_1 551-582 aa PF13041 PPR_2 553-600 aa PF01535 PPR 556-584 aa
XP_057768477.1
667 aa
N
1
334
667
PPR_2
PPR
PPR_3
PPR_3
PPR
PPR
PPR_3
TPR_24
PPR_3
PPR_1
PPR_2
PPR
C
PF13041 PPR_2 173-219 aa PF01535 PPR 177-205 aa PF13812 PPR_3 178-218 aa PF13812 PPR_3 197-255 aa PF01535 PPR 212-236 aa PF01535 PPR 487-516 aa PF13812 PPR_3 507-565 aa PF23276 TPR_24 531-609 aa PF13812 PPR_3 549-590 aa PF12854 PPR_1 551-582 aa PF13041 PPR_2 553-600 aa PF01535 PPR 556-584 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057768476.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 173 219 1.8e-35 121.5 PPR repeat family
XP_057768476.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 177 205 1.6e-28 97.6 PPR repeat
XP_057768476.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 178 218 1e-17 64.7 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057768476.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 197 255 1e-17 64.7 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057768476.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 212 236 1.6e-28 97.6 PPR repeat
XP_057768476.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 487 516 1.6e-28 97.6 PPR repeat
XP_057768476.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 507 565 1e-17 64.7 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057768476.1 Pfam PF23276 TPR_24 Repeat 531 609 7.1e-16 59.0 Pentatricopeptide repeat-containing protein
XP_057768476.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 549 590 1e-17 64.7 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057768476.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 551 582 6e-21 74.6 PPR repeat
XP_057768476.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 553 600 1.8e-35 121.5 PPR repeat family
XP_057768476.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 556 584 1.6e-28 97.6 PPR repeat
XP_057768477.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 173 219 1.8e-35 121.5 PPR repeat family
XP_057768477.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 177 205 1.6e-28 97.6 PPR repeat
XP_057768477.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 178 218 1e-17 64.7 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057768477.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 197 255 1e-17 64.7 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057768477.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 212 236 1.6e-28 97.6 PPR repeat
XP_057768477.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 487 516 1.6e-28 97.6 PPR repeat
XP_057768477.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 507 565 1e-17 64.7 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057768477.1 Pfam PF23276 TPR_24 Repeat 531 609 7.1e-16 59.0 Pentatricopeptide repeat-containing protein
XP_057768477.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 549 590 1e-17 64.7 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057768477.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 551 582 6e-21 74.6 PPR repeat
XP_057768477.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 553 600 1.8e-35 121.5 PPR repeat family
XP_057768477.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 556 584 1.6e-28 97.6 PPR repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057912494.1
CAAAACAATACTAGATATGATATTGATATGGGTCTAATGTTGTCCCTCTTCGTCTCGATTCTCTCATTTCTTTTCTGTGAAAATATAACAGAAAAGTTGACGCTAGCAGAGCAATTTGGTTTCCTTCTCGTGCTTCAATCCCGTTAATTATATATAGTATATAGATATTCAAGCTTCCACTGAAGGCTTCGTTGTGTTGGCGTTTGCCCCTCATCAATTTGCAGTTCTAATTTCTCAAAATGTATGCACGCCAGCTGTTT...
XM_057912493.1
CAAAACAATACTAGATATGATATTGATATGGGTCTAATGTTGTCCCTCTTCGTCTCGATTCTCTCATTTCTTTTCTGTGAAAATATAACAGAAAAGTTGACGCTAGCAGAGCAATTTGGTTTCCTTCTCGTGCTTCAATCCCGTTAATTATATATAGTATATAGATATTCAAGCTTCCACTGAAGGCTTCGTTGTGTTGGCGTTTGCCCCTCATCAATTTGCAGTTCTAATTTCTCAAAATGTATGCACGCCAGCTGTTT...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC130988607
ATGTATTCCAGCAGAATATACTCTGTATCAACCTTCTGCAAGAATTTTAGTCTACAAGCATGCTATTTTTCGTGGGGCACCCCAAAAATGAACAAGATGTCTCTGTATCTCCAAAGGGCAAAGCTCATTGATTCAATAAGACTCTGTCTCCGTTCGAATGCACCGGACTCGTCTCTTACTAGCATATTGAGGAGTCCTTCTCTGGATTCATTCGTCGTGACCAATGCTCTCCGCTCGGCTCCCTCGCCAGTTTCCGCGCT...
LOC130988607
ATGTATTCCAGCAGAATATACTCTGTATCAACCTTCTGCAAGAATTTTAGTCTACAAGCATGCTATTTTTCGTGGGGCACCCCAAAAATGAACAAGATGTCTCTGTATCTCCAAAGGGCAAAGCTCATTGATTCAATAAGACTCTGTCTCCGTTCGAATGCACCGGACTCGTCTCTTACTAGCATATTGAGGAGTCCTTCTCTGGATTCATTCGTCGTGACCAATGCTCTCCGCTCGGCTCCCTCGCCAGTTTCCGCGCT...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057768476.1
MYSSRIYSVSTFCKNFSLQACYFSWGTPKMNKMSLYLQRAKLIDSIRLCLRSNAPDSSLTSILRSPSLDSFVVTNALRSAPSPVSALHLIENLKKIETFSHTQETLHAMAKILAKSGQTRKLGALIDAINTGKFTNVAYASFMDQMRWYAAAGDLNEVSGAWHEWRRTLDKHPCTESYNIVMKLYVEKGMDAEAVNVFSRMVEEGALPNCRTYTVIIQHLIKVGKLDSALKLFKMLPLMRIRRTLMQYSVLVEAFTSADT...
XP_057768477.1
MYSSRIYSVSTFCKNFSLQACYFSWGTPKMNKMSLYLQRAKLIDSIRLCLRSNAPDSSLTSILRSPSLDSFVVTNALRSAPSPVSALHLIENLKKIETFSHTQETLHAMAKILAKSGQTRKLGALIDAINTGKFTNVAYASFMDQMRWYAAAGDLNEVSGAWHEWRRTLDKHPCTESYNIVMKLYVEKGMDAEAVNVFSRMVEEGALPNCRTYTVIIQHLIKVGKLDSALKLFKMLPLMRIRRTLMQYSVLVEAFTSADT...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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