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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G001100

染色体: Chr06 坐标: 11069408-11071070 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G001100
名称SmilChr06G001100
描述transcription factor DICHOTOMA-like
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向11069408 - 11071070 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130988619
GeneID130988619
locus_tag-
NCBI NameLOC130988619
原始查询SmilChr06G001100

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述transcription factor DICHOTOMA-like
产物transcription factor DICHOTOMA-like
ArabidopsisAT1G67260 (TCP1)
TCP family transcription factor [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:3767658]
identity=45.4; qcov=0.452; evalue=1.7e-26; confidence=medium
RiceOs03g0706500 (FC1)
-
identity=45.5; qcov=0.464; evalue=3.14e-26; confidence=medium
GOGO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity); GO:0005634 (nucleus); GO:0043565 (sequence-specific DNA binding); GO:2000032 (regulation of secondary shoot formation)
KEGG-
PfamPF03634 (TCP)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130988619

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057768491.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057768491.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057768491.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057768491.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057768491.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:11070150 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B137,B139,C4,C48
Chr6:11070271 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A14,B68,B69,B76,D1
Chr6:11070599 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A23
Chr6:11070626 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B114

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057768491.1
336 aa
N
1
168
336
TCP
C
PF03634 TCP 76-211 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057768491.1 Pfam PF03634 TCP Family 76 211 9.1e-42 143.9 TCP family transcription factor

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057912508.1
GGACAACTTTACTATGTTTTCAGTAATTAAACTGTTATGAGCATCGACCACACAGAAAAACCCTCTTTCCTCTCTCGCTACATCTCCATCTTTCCACGTTGATAGAAATGGCAGAATTTAATTCAAAACGATAAGGGTTTCCAAATCTTTGTCGATAAAAACTAATGTAACAAAGTAGGGTTGTTGTTGGTGTTGTTGTTTCTGCTTCCACAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAAAAGAAAAAAAATGTTCAGCAAGAAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130988619
ATGTTCAGCAAGAATAATGCATACAATTTCTCACTCCCCTCTGCCTCCTCCCATCCTCGTACCTCCGCGGCGGCCCTTGTCGGCCTGAACGCCAACGACTTCTTGCTCCACCACCACGACATGCTCTCGGCTCATCATCACTTCGCCGCCAATCAAGAACTTTACGGCCTAAGCGGGGACCATCCCTTGGCCGCGGCCGCGAATCCATGTGGCGGCGCCAAGGCCTCGAAGAAGGACCGGCACAGCAAAATCGACACGGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057768491.1
MFSKNNAYNFSLPSASSHPRTSAAALVGLNANDFLLHHHDMLSAHHHFAANQELYGLSGDHPLAAAANPCGGAKASKKDRHSKIDTVQGPRDRRVRLSIGVARKFFDLQENLGFDKPSKTLDWLLTKSKAAIQDLEEMKERDAAAAAKSGGSSECEVDSGEALENGAENPKHAANSSNKLKAAAAAKDSSAKESRVKARARARERTREKMCIKKLNETRNINADFAPIHFMNNQLDLRKIAAASSSNINLGFREAMQLHC...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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