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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G001140

染色体: Chr06 坐标: 11446754-11448502 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G001140
名称SmilChr06G001140
描述uncharacterized SmilChr06G001140
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向11446754 - 11448502 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130990490
GeneID130990490
locus_tag-
NCBI NameLOC130990490
原始查询SmilChr06G001140

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os12g0597300; species=rice; confidence=low
产物hit=Os12g0597300; species=rice; confidence=low
ArabidopsisAT1G06740 (MUG3)
MuDR family transposase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:3766669]
identity=21.5; qcov=0.804; evalue=3.31e-08; confidence=weak
RiceOs12g0597300
-
identity=25.2; qcov=0.893; evalue=1.81e-19; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130990490

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057770701.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057770701.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057770701.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057770701.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057770701.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:11446800 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B80,C48,D9
Chr6:11446810 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B69
Chr6:11446816 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B109,B43,C55
Chr6:11446844 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B24,B78,C81
Chr6:11446857 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B20,C59
Chr6:11446862 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B101,B71,B75,B78,C19
Chr6:11446865 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B128,B24,B44,B62,C73
Chr6:11446869 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B119
Chr6:11446919 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B39,B90
Chr6:11446921 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B130,B27,C11,C16,C9
Chr6:11446927 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C41,D3
Chr6:11446940 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B57

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057914718.1
ATGAAGCAAGGGGCTGAGGCAAAAGTTGTACGCTCAGATCAGGGACGCCTCTATTACAAGTGCAAGCACTCTGATAAGTGCAAGTTCGATGTGCGTGCATCTTGTCACGGCGGAGGGATGTGGGGAGTGCATAAGTTTAAAGAGCACTCTTGCCAAGGGGAATTGGGCATTTTGAAACGAATAAAGGCACATTCGAATGTGGTTGCAGCTTATGTGGAAAAAAGAATACGCGATGACGGAGAGAACAAAATTAAGGGCTA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130990490
ATGAAGCAAGGGGCTGAGGCAAAAGTTGTACGCTCAGATCAGGGACGCCTCTATTACAAGTGCAAGCACTCTGATAAGTGCAAGTTCGATGTGCGTGCATCTTGTCACGGCGGAGGGATGTGGGGAGTGCATAAGTTTAAAGAGCACTCTTGCCAAGGGGAATTGGGCATTTTGAAACGAATAAAGGCACATTCGAATGTGGTTGCAGCTTATGTGGAAAAAAGAATACGCGATGACGGAGAGAACAAAATTAAGGGCTA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057770701.1
MKQGAEAKVVRSDQGRLYYKCKHSDKCKFDVRASCHGGGMWGVHKFKEHSCQGELGILKRIKAHSNVVAAYVEKRIRDDGENKIKGYGQAVVELFRQAAYAYTDSEFSRVMSAMAQLKPTTYGKLMRVGPEKWARSQSPVTRYSFLTSNAVEALNARLLWARRLPICSMLEAIRMVLEQWFNDRLASAEKSDDLLTPEATQKISAEISKSRRYTAKRTSERKYKMPSKYNHSFRGEAKEPVEDYVEAYYLRSSLVQTYSG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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