Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr06G001161`

染色体: Chr06 坐标: 11785378-11787150 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr06G001161`
名称	SmilChr06G001161
描述	proline-rich extensin-like protein EPR1
染色体 / SeqID	Chr06 / NC_080392.1
坐标与链方向	11785378 - 11787150 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130988680`
GeneID	`130988680`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130988680`
原始查询	`SmilChr06G001161`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	proline-rich extensin-like protein EPR1
产物	proline-rich extensin-like protein EPR1
Arabidopsis	`AT5G15780` (AT5G15780) Pollen Ole e 1 allergen and extensin family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831434] identity=53.7; qcov=0.489; evalue=4.18e-42; confidence=medium
Rice	`Os10g0205700` - identity=37.7; qcov=0.32; evalue=3.32e-09; confidence=low
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF01190 (Pollen_Ole_e_1)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130988680

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Secreted	分泌到胞外	1.00000	`XP_057768571.1`
2	Cell wall	细胞壁	0.20000	`XP_057768571.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057768571.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057768571.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057768571.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr6:11785733`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr6:11785799`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A15,B9,C38
`Chr6:11785889`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C87
`Chr6:11785972`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B59,C35
`Chr6:11786105`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A15,B9,C38
`Chr6:11786148`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B24,C8
`Chr6:11786456`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B82

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057768571.1

334 aa

167

334

Pollen_Ole_e_1

PF01190 Pollen_Ole_e_1 30-133 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057768571.1`	Pfam	`PF01190`	Pollen_Ole_e_1	Domain	30	133	6.1e-11	43.3	Pollen protein Ole e 1 like

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057912589.1
CAAAACACACACATAATCAAACATCACACACACATATACATATACACAGAGAGAGAGAGAAAGAGATAATCTCTACGCATTAAAGTTGATCTCTCTGTCCGTCTTCACCTAGGAAATAATGCTGCTAGTTTGCAGTTCACTTGTTTTTTCATGAATTACATTAATAGTAGCCTCCTTCTTTCCCAGTATAAAAAGGTTCAACAAAACTCCTACTTCCCATCTCAGACAACCCCTAAAAACACACAAACATAAAGGAAACA...

XM_057912588.1
ACACACATAATCAAACATCACACACACATATACATATACACAGAGAGAGAGAGAAAGAGATAATCTCTACGCATTAAAGTTGATCTCTCTGTCCGTCTTCACCTAGGAAATAATGCTGCTAGTTTGCAGTTCACTTGTTTTTTCATGAATTACATTAATAGTAGCCTCCTTCTTTCCCAGTATAAAAAGGTTCAACAAAACTCCTACTTCCCATCTCAGACAACCCCTAAAAACACACAAACATAAAGGAAACAGATTTT...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC130988680
ATGTATTGGTTTTGGACTATAATGTTTCTAAGTCTTGCAACTATCAACAATTCAGAATCTAAACTTCATAATCAGAAGTCATCTGCCGTTATCGTCGGGACAGTCTACTGCGACACGTGTTTCCAGCAGAATCTACCCAAAGCCAGCCAGTACTTGATTGCAGTCACCGTAGAATGCAAGGACGCAGGATCAGGAACGAGGTTCCGGCAACAAGTGAAAACAGACAGCCATGGAGAATTCAAAGTACACCTCCCTTTCCC...

LOC130988680
ATGTATTGGTTTTGGACTATAATGTTTCTAAGTCTTGCAACTATCAACAATTCAGAATCTAAACTTCATAATCAGAAGTCATCTGCCGTTATCGTCGGGACAGTCTACTGCGACACGTGTTTCCAGCAGAATCTACCCAAAGCCAGCCAGTACTTGATTGCAGGTGCATCAGTCACCGTAGAATGCAAGGACGCAGGATCAGGAACGAGGTTCCGGCAACAAGTGAAAACAGACAGCCATGGAGAATTCAAAGTACACCT...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057768571.1
MYWFWTIMFLSLATINNSESKLHNQKSSAVIVGTVYCDTCFQQNLPKASQYLIAGASVTVECKDAGSGTRFRQQVKTDSHGEFKVHLPFPVSKHTRKIRGCSVRLISSNKPYCAVAASATSSNLHLKSRKDGTHVFSAGFFTFRPLKQPQVCDEKTSINSFKKLSQISNPNDPAFVPPIQDPPSFGSFLPPLPRLPPLPQLPRLPPLPGIPFLPPVVPKKQAANNVPKLSENQPGTPFPPNPFNLPNILPPNPFQSPPIT...

XP_057768572.1
MYWFWTIMFLSLATINNSESKLHNQKSSAVIVGTVYCDTCFQQNLPKASQYLIAVTVECKDAGSGTRFRQQVKTDSHGEFKVHLPFPVSKHTRKIRGCSVRLISSNKPYCAVAASATSSNLHLKSRKDGTHVFSAGFFTFRPLKQPQVCDEKTSINSFKKLSQISNPNDPAFVPPIQDPPSFGSFLPPLPRLPPLPQLPRLPPLPGIPFLPPVVPKKQAANNVPKLSENQPGTPFPPNPFNLPNILPPNPFQSPPITIPP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器