Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr06G001163`

染色体: Chr06 坐标: 11814187-11815193 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr06G001163`
名称	SmilChr06G001163
描述	uncharacterized SmilChr06G001163
染色体 / SeqID	Chr06 / NC_080392.1
坐标与链方向	11814187 - 11815193 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130990493`
GeneID	`130990493`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130990493`
原始查询	`SmilChr06G001163`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述	confidence=no_hit
产物	confidence=no_hit
Arabidopsis	`-` -
Rice	`-` -
GO	-
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130990493

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	0.60000	`XP_057770705.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.60000	`XP_057770705.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.40000	`XP_057770705.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057770705.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057770705.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr6:11814273`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B97
`Chr6:11814307`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr6:11814310`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A19
`Chr6:11814311`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A20,B132
`Chr6:11814319`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B106,C84
`Chr6:11814321`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B103,B137,B15,C84
`Chr6:11814328`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	17	A6,A8,A9,B111,B131,B134,B22,B41,B53,B55,B65,C20,C23,C33,C64,C66,C68
`Chr6:11814330`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C84
`Chr6:11814334`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A5,B102,B65
`Chr6:11814342`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	C19,C84,D9
`Chr6:11814343`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B42,B88
`Chr6:11814353`	`TC`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	2	B101,C9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057914722.1
ATGGCAAACATAGCCAAACTTGAGTTCATCGCCCTTGACATCTCTGGCAAGAATTACATGTCATGGACTCTTGATGCTGATATTCACCTGATCTCAAGGGGTCTAGGAGAAACTATCAAAGAAGGAAACAAAGCGTCCGACCAGGATCGCGCTAAGGCACTAATATTCCTTCGTCATCACCTTCATGATGACCTTAAGACAGAGTATCTGACTGTCAAAGATCCACAAGAATTGTGGACGAACCTCAAAGAAAGGTTTGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130990493
ATGGCAAACATAGCCAAACTTGAGTTCATCGCCCTTGACATCTCTGGCAAGAATTACATGTCATGGACTCTTGATGCTGATATTCACCTGATCTCAAGGGGTCTAGGAGAAACTATCAAAGAAGGAAACAAAGCGTCCGACCAGGATCGCGCTAAGGCACTAATATTCCTTCGTCATCACCTTCATGATGACCTTAAGACAGAGTATCTGACTGTCAAAGATCCACAAGAATTGTGGACGAACCTCAAAGAAAGGTTTGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057770705.1
MANIAKLEFIALDISGKNYMSWTLDADIHLISRGLGETIKEGNKASDQDRAKALIFLRHHLHDDLKTEYLTVKDPQELWTNLKERFDHQKTVVLPKARYEWMHLRLQDFKSVSAYNSELFRIVSKLKLCGEKISDTDMLEKTFSTFHASNVLLQQQYRERGFKKYSELISCLLVAEQNNELLLKNHELRPTGSAALPEANATFNHDNGRGRGNQRGRGRGRGRGYGRGRGRGKPHDATSSNKKHKASNEHNSYKKEAKHL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器