Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G001164

染色体: Chr06 坐标: 11838330-11846881 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G001164
名称SmilChr06G001164
描述AUGMIN subunit 5
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向11838330 - 11846881 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130988683
GeneID130988683
locus_tag-
NCBI NameLOC130988683
原始查询SmilChr06G001164

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述AUGMIN subunit 5
产物AUGMIN subunit 5
ArabidopsisAT5G38880 (AUG5)
HAUS augmin-like complex subunit [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:833879]
identity=69.4; qcov=1.02; evalue=0; confidence=high
RiceOs09g0386600
-
identity=68; qcov=0.558; evalue=0; confidence=medium
GOGO:0005876 (spindle microtubule); GO:0051225 (spindle assembly); GO:0070652 (HAUS complex)
KEGG-
PfamPF14817 (HAUS5)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130988683

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoskeleton 细胞骨架 1.00000 XP_057768575.1
2 Spindle Spindle 1.00000 XP_057768575.1
3 Spindle pole Spindle pole 1.00000 XP_057768575.1
4 Phragmoplast Phragmoplast 0.80000 XP_057768575.1
5 Chromosome 染色体 0.40000 XP_057768575.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:11841743 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B104,C22,C86,D10,D11
Chr6:11844129 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B80,B99,C30
Chr6:11845113 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B104,D10
Chr6:11845306 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B104,C86,D10
Chr6:11845352 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B15
Chr6:11845402 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr6:11845478 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr6:11846063 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 1 B87
Chr6:11846063 TC T 1bp_deletion CDS_variant 1 B87
Chr6:11846066 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B87
Chr6:11846251 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C8

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057768575.1
778 aa
N
1
389
778
HAUS5
C
PF14817 HAUS5 11-767 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057768575.1 Pfam PF14817 HAUS5 Family 11 767 4.2e-240 799.7 HAUS augmin-like complex subunit 5

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057912592.1
AATCGGGCGGGGTTTCTTTGCTTTCAAAATCGCTCAACTCTTTCCTTTTCCCCACACACTACAAACCAGTTTTATCCATTTTGAATTCATCATTGTTGTTTCTAAACTATACATGATTATGTTTTCGAATACGTACAAAAAACATACTATTTAATCCACTCTACTTCAAAGATTATTGGCAGAAATTTGTGCTTGAATTCATCTTCGCCGGCATTGTTAGATACGTCGTCGATTGTTCAATCGAATCAATTTTCAAAGGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130988683
ATGCAGAGCTCGTCGGGATCGGCGGCGCAACCTGAGGCTATCCTGGAATGGCTCCAGAAAGAAATGGGGTACAGGCCTCTCGGCCCGTACGCTTCTTCCGCCAAAGCGGCGGTGCCCACGGCGGATTCGCTCCGCAAGATTTGCCGCGGGAACATGATTCCCGTGTGGAATTTCTTGCTGAAAAGGGTGAAGTCGGAGAAGACGGTGGAGAATATTAGGAGGAATATTCTCGTCCACGGCGCGGATGACGGTGATAAGGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057768575.1
MQSSSGSAAQPEAILEWLQKEMGYRPLGPYASSAKAAVPTADSLRKICRGNMIPVWNFLLKRVKSEKTVENIRRNILVHGADDGDKGRRREKLGAGKGESGGGSSREMALQERELAEKEVERLRQIVRRQRKELKARMIEVSREEAERRRMLDERSNYRHKQVMLEAYDQQSDEAAKIFAEYHKRLRRYVNQARDAQRSSADSNETVTIFPANGEQELYSTVKGGKSADDVILIETAREKNIRKLCESLATQMAEKIRSS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器