当前解析结果
SmilChr06G001176| 统一新 Gene ID | SmilChr06G001176 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr06G001176 |
| 描述 | protein SPIRAL1-like 3 |
| 染色体 / SeqID | Chr06 / NC_080392.1 |
| 坐标与链方向 | 11966853 - 11968042 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130988696 |
|---|---|
| GeneID | 130988696 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130988696 |
| 原始查询 | SmilChr06G001176 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | protein SPIRAL1-like 3 |
| 产物 | protein SPIRAL1-like 3 |
| Arabidopsis | AT1G26355 (SP1L1)SPIRAL1-like1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:6240366] identity=57.4; qcov=1.05; evalue=9.76e-33; confidence=medium |
| Rice | Os12g0502000- identity=52.9; qcov=0.845; evalue=8.35e-23; confidence=medium |
| GO | GO:0010005 (cortical microtubule, transverse to long axis); GO:0043622 (cortical microtubule organization) |
| KEGG | - |
| Pfam | - |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130988696 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoskeleton | 细胞骨架 | 1.00000 | XP_057768592.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.80000 | XP_057768592.1 |
| 3 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.20000 | XP_057768592.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057768592.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057768592.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr6:11967071 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D4 |
Chr6:11967075 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr6:11967203 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B64,C43,C6,C87 |
Chr6:11967208 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B2 |
Chr6:11967214 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 5 | B139,B8,B82,B89,C10 |
Chr6:11967214 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B139,B8,B82,B89,C10 |
Chr6:11967218 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr6:11967337 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | C2,C32,C68 |
Chr6:11967344 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A8,B17 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
3 records
下载 cDNA FASTA3 records
下载 CDS FASTA3 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。