Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr06G001181`

染色体: Chr06 坐标: 12008548-12010543 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr06G001181`
名称	SmilChr06G001181
描述	transcription initiation factor TFIID subunit 8-like
染色体 / SeqID	Chr06 / NC_080392.1
坐标与链方向	12008548 - 12010543 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130988699`
GeneID	`130988699`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130988699`
原始查询	`SmilChr06G001181`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	transcription initiation factor TFIID subunit 8-like
产物	transcription initiation factor TFIID subunit 8-like
Arabidopsis	`AT5G15570` (AT5G15570) Bromodomain transcription factor [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831410] identity=36; qcov=0.953; evalue=4.38e-61; confidence=medium
Rice	`Os12g0574800` - identity=35; qcov=0.958; evalue=3.61e-45; confidence=low
GO	GO:0005669 (transcription factor TFIID complex); GO:0046982 (protein heterodimerization activity)
KEGG	smil03022 (Basal transcription factors - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF07524 (Bromo_TP); PF10406 (TAF8_C)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130988699

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057768602.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057768602.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057768602.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057768602.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr6:12008797`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C27
`Chr6:12008959`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	C2,C32,C68
`Chr6:12009187`	`TTC`	`T`	2bp_deletion	frameshift_variant	1	C23
`Chr6:12009187`	`TTC`	`T`	2bp_deletion	CDS_variant	1	C23
`Chr6:12009332`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B33
`Chr6:12009469`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C27

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057768602.1

382 aa

191

382

Bromo_TP

TAF8_C

PF07524 Bromo_TP 29-100 aa PF10406 TAF8_C 166-215 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057768602.1`	Pfam	`PF07524`	Bromo_TP	Domain	29	100	4.1e-23	81.9	Bromodomain associated
`XP_057768602.1`	Pfam	`PF10406`	TAF8_C	Domain	166	215	1e-09	39.4	Transcription factor TFIID complex subunit 8 C-term

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057912619.1
GTAAAGTTCCCGTTTTAAAAAAAAAGCAAGTAAAGTTCCGATAGATTACCTTTCAGTCCCTTCTCCTGCAGTGACGTTCAATGCCAATCTCTAAACTTAAAAACCGTGTTTATTAGAAGAGCGACATCAACGAATTTGCGGTCGGAATTGGCTGTCCAAACTCCAATGCCGACTCACCTCCGTAGTCAGACCACACACACAGTGCTTGGCCGTCTATAAAGCAGCAGCCTCAAATCGGTTTTCCCCCCACTTCGATTTTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130988699
ATGAGCCATGGAGAGGGGAAAGATAAGTTCTTGAGTGAGAAAGAGAATCCGCAGTCAATGAGGAAGAAAAAGAAGTTGGGGAAAGATGAATTTGCCCAGGCCATTGCCAGGAATGTGGTGGCGCAGGTTTGTGAAAGCTTAGGTTTTCAGAGCTTTCAGCAGTCTGCATTGGATAATCTAGCTGATGTAGCAGTGAGGTATATTCGGGAGATAGGAAAAACTGCGTCGTCTTATGCGAATTTAGCTAATAGGACGCAGTG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057768602.1
MSHGEGKDKFLSEKENPQSMRKKKKLGKDEFAQAIARNVVAQVCESLGFQSFQQSALDNLADVAVRYIREIGKTASSYANLANRTQCNVFDVIQGLEHLGSVQGFSGASDVRHCLARSGVVKDIIRYVSQPDEIPFAYPVPSFPVVKETVLDISFAQAEENPPEEHIPSWLPKFPDPATYAELSSGNEKDSETEAVKIQQVEQQHRRAERSLLNLQQKLICNGSEAGVVVEQGDAAKAQRAAENNPFLATPLQFWEKEVS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器