当前解析结果
SmilChr06G001184| 统一新 Gene ID | SmilChr06G001184 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr06G001184 |
| 描述 | probable galacturonosyltransferase 13 |
| 染色体 / SeqID | Chr06 / NC_080392.1 |
| 坐标与链方向 | 12046038 - 12053022 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130988702 |
|---|---|
| GeneID | 130988702 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130988702 |
| 原始查询 | SmilChr06G001184 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | probable galacturonosyltransferase 13 |
| 产物 | probable galacturonosyltransferase 13 |
| Arabidopsis | AT3G01040 (GAUT13)galacturonosyltransferase 13 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821312] identity=82.4; qcov=1; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os12g0578500- identity=71.1; qcov=0.946; evalue=0; confidence=high |
| GO | GO:0047262 (polygalacturonate 4-alpha-galacturonosyltransferase activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF01501 (Glyco_transf_8); PF18404 (Glyco_transf_24) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130988702 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Golgi apparatus | 高尔基体 | 1.00000 | XP_057768606.1 |
| 2 | Golgi stack | 高尔基堆 | 0.20000 | XP_057768606.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057768606.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr6:12048804 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D3 |
Chr6:12048890 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B77,D10 |
Chr6:12048892 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A4,B10,B25,B47,D6 |
Chr6:12050062 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B10 |
Chr6:12050185 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B134 |
Chr6:12052290 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B16,B46,C23 |
Chr6:12052348 |
AAC |
A |
2bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B125 |
Chr6:12052348 |
AAC |
A |
2bp_deletion | CDS_variant | 1 | B125 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057768606.1PF01501
Glyco_transf_8 182-514 aa
PF18404
Glyco_transf_24 340-440 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057768606.1 |
Pfam | PF01501 |
Glyco_transf_8 | Family | 182 | 514 | 1.1e-76 | 258.5 | Glycosyl transferase family 8 |
XP_057768606.1 |
Pfam | PF18404 |
Glyco_transf_24 | Domain | 340 | 440 | 1.8e-06 | 28.3 | Glucosyltransferase 24 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。