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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G001186

染色体: Chr06 坐标: 12074226-12079903 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G001186
名称SmilChr06G001186
描述microtubule-destabilizing protein 60-like
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向12074226 - 12079903 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130988704
GeneID130988704
locus_tag-
NCBI NameLOC130988704
原始查询SmilChr06G001186

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述microtubule-destabilizing protein 60-like
产物microtubule-destabilizing protein 60-like
ArabidopsisAT5G15510 (AT5G15510)
TPX2 (targeting protein for Xklp2) protein family [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831404]
identity=47.9; qcov=0.931; evalue=1.09e-112; confidence=high
RiceOs03g0212600
-
identity=52.2; qcov=0.56; evalue=4.35e-80; confidence=medium
GOGO:0005880 (nuclear microtubule); GO:0008017 (microtubule binding); GO:0030295 (protein kinase activator activity); GO:0032147 (activation of protein kinase activity); GO:0060236 (regulation of mitotic spindle organization); GO:0072686 (mitotic spindle); GO:0090307 (mitotic spindle assembly)
KEGG-
PfamPF06886 (TPX2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130988704

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoskeleton 细胞骨架 1.00000 XP_057768609.1
2 Nucleus 细胞核 0.20000 XP_057768609.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057768609.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:12075041 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A8
Chr6:12075482 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B7
Chr6:12079546 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B32
Chr6:12079612 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C27
Chr6:12079613 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C27

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057768609.1
520 aa
N
1
260
520
TPX2
C
PF06886 TPX2 420-494 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057768609.1 Pfam PF06886 TPX2 Domain 420 494 3.3e-24 85.4 Targeting protein for Xklp2 (TPX2) domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057912626.1
ACTAGCCGTTTGCAAGCGCCTCCCAATTCCCAAACCTCAAAATGATCCATTTCTCCTCTTCTCTTCAAATATTTGATCAATGCAATTCACGTTGTAGTTCGAAAAACTCACACTCTCTCTATCTCCCCAATTCGTGGTCGATTTTCATGGAGTCGACGTCGGAGTTCACTAGAGTACTAGTTACTCCGACGAAAGAGAGAGTCGCCGGTTCAGGTCGGACGAAATCGAACGAAAACCTCAAGTATGCGGAAAATTTTGAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130988704
ATGATCCATTTCTCCTCTTCTCTTCAAATATTTGATCAATGCAATTCACGTTGTAGTTCGAAAAACTCACACTCTCTCTATCTCCCCAATTCGTGGTCGATTTTCATGGAGTCGACGTCGGAGTTCACTAGAGTACTAGTTACTCCGACGAAAGAGAGAGTCGCCGGTTCAGGTCGGACGAAATCGAACGAAAACCTCAAGTATGCGGAAAATTTTGATCCAAACGTTTGTCGTGCTGGAACGAAGCTATACAAATCAGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057768609.1
MIHFSSSLQIFDQCNSRCSSKNSHSLYLPNSWSIFMESTSEFTRVLVTPTKERVAGSGRTKSNENLKYAENFDPNVCRAGTKLYKSASMVNSILSAKNPSRGKSNLNRLACPSAMMKIRGRKFVIAKEKPRVEESNSAAAAVDCKKCEKAAGKSKCLCVAYVSLRASHEEFQNNQDQIQKEVDSDRVSECENPGIDDEGTKETSDVLIESDCENGELRLKKSRERLLEAARRSVPEPGSGRVMHLVKAFEKLLKMPKSGD...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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