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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G001206

染色体: Chr06 坐标: 12337413-12341753 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G001206
名称SmilChr06G001206
描述ureide permease 1-like
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向12337413 - 12341753 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130988723
GeneID130988723
locus_tag-
NCBI NameLOC130988723
原始查询SmilChr06G001206

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述ureide permease 1-like
产物ureide permease 1-like
ArabidopsisAT2G03590 (UPS1)
ureide permease 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814888]
identity=60.8; qcov=1.07; evalue=1.06e-158; confidence=high
RiceOs12g0502800
-
identity=58.5; qcov=1.09; evalue=1.9e-155; confidence=high
GOGO:0005274 (allantoin:proton symporter activity); GO:0015505 (uracil:monoatomic cation symporter activity); GO:0016020 (membrane); GO:0071705 (nitrogen compound transport)
KEGG-
PfamPF07168 (Ureide_permease)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130988723

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Vacuole membrane 液泡膜 0.60000 XP_057768637.1
2 Cell membrane 细胞膜 0.40000 XP_057768634.1
3 Vacuole 液泡 0.40000 XP_057768634.1
4 Golgi apparatus 高尔基体 0.20000 XP_057768636.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057768636.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:12337485 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 7 A18,B25,C31,C4,C57,C6,D9
Chr6:12338359 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B139,B32,C4,C48
Chr6:12339112 T TA 1bp_insertion frameshift_variant 1 B68
Chr6:12339112 T TA 1bp_insertion CDS_variant 1 B68
Chr6:12339394 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A3,C61
Chr6:12340039 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr6:12340100 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B84
Chr6:12340686 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C72
Chr6:12340759 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C44,D4
Chr6:12340819 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C72
Chr6:12340853 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C72
Chr6:12340882 CT C 1bp_deletion frameshift_variant 1 B103

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057768634.1
412 aa
N
1
206
412
Ureide_permease
C
PF07168 Ureide_permease 41-402 aa
XP_057768636.1
411 aa
N
1
206
411
Ureide_permease
C
PF07168 Ureide_permease 41-401 aa
XP_057768637.1
379 aa
N
1
190
379
Ureide_permease
Ureide_permease
C
PF07168 Ureide_permease 41-125 aa PF07168 Ureide_permease 126-369 aa
XP_057768638.1
378 aa
N
1
189
378
Ureide_permease
Ureide_permease
C
PF07168 Ureide_permease 41-125 aa PF07168 Ureide_permease 126-368 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057768634.1 Pfam PF07168 Ureide_permease Family 41 402 4.2e-180 598.9 Ureide permease
XP_057768636.1 Pfam PF07168 Ureide_permease Family 41 401 3.3e-180 599.2 Ureide permease
XP_057768637.1 Pfam PF07168 Ureide_permease Family 41 125 2.3e-150 501.1 Ureide permease
XP_057768637.1 Pfam PF07168 Ureide_permease Family 126 369 2.3e-150 501.1 Ureide permease
XP_057768638.1 Pfam PF07168 Ureide_permease Family 41 125 1.8e-150 501.4 Ureide permease
XP_057768638.1 Pfam PF07168 Ureide_permease Family 126 368 1.8e-150 501.4 Ureide permease

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XM_057912653.1
TCGTTTGTTGATTAGAAAAAATGTACTTGGTTGAGAGTAAGAGTGGAGCGATAGGATGCATGGTGGTTGCGCTGGTGTTTCTGGGCACATGGCCGGCGCTTCTGGCGCAGTTGGAGCGGCGCGGCCGCCTTCCCCAGCACACTTATCTCGATTATTCCTTCACTAATTTCTTGACCGCTGTCGTTATTGCTTTCACACTTGGTCAGATTGGCCATGCCAGCCCTAACACGCCTAATTTCTTCACTCAACTTTCTCAGGAG...
XM_057912651.1
ATGTACTTGGTTGAGAGTAAGAGTGGAGCGATAGGATGCATGGTGGTTGCGCTGGTGTTTCTGGGCACATGGCCGGCGCTTCTGGCGCAGTTGGAGCGGCGCGGCCGCCTTCCCCAGCACACTTATCTCGATTATTCCTTCACTAATTTCTTGACCGCTGTCGTTATTGCTTTCACACTTGGTCAGATTGGCCATGCCAGCCCTAACACGCCTAATTTCTTCACTCAACTTTCTCAGGAGAACTGGGGGTGTGTATTGAT...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC130988723
ATGTACTTGGTTGAGAGTAAGAGTGGAGCGATAGGATGCATGGTGGTTGCGCTGGTGTTTCTGGGCACATGGCCGGCGCTTCTGGCGCAGTTGGAGCGGCGCGGCCGCCTTCCCCAGCACACTTATCTCGATTATTCCTTCACTAATTTCTTGACCGCTGTCGTTATTGCTTTCACACTTGGTCAGATTGGCCATGCCAGCCCTAACACGCCTAATTTCTTCACTCAACTTTCTCAGGAGAACTGGGGGTGTGTATTGAT...
LOC130988723
ATGTACTTGGTTGAGAGTAAGAGTGGAGCGATAGGATGCATGGTGGTTGCGCTGGTGTTTCTGGGCACATGGCCGGCGCTTCTGGCGCAGTTGGAGCGGCGCGGCCGCCTTCCCCAGCACACTTATCTCGATTATTCCTTCACTAATTTCTTGACCGCTGTCGTTATTGCTTTCACACTTGGTCAGATTGGCCATGCCAGCCCTAACACGCCTAATTTCTTCACTCAACTTTCTCAGGAGAACTGGGGGTGTGTATTGAT...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057768634.1
MYLVESKSGAIGCMVVALVFLGTWPALLAQLERRGRLPQHTYLDYSFTNFLTAVVIAFTLGQIGHASPNTPNFFTQLSQENWGCVLMAMAGGVFLGLGNLATQYAWPFVGLSVTEVITSSLAVVLGTSMNYFLDDKMNRAEILFPGVGCFLIAVCLGSAVHSSNDADNAAKLQQLSDKHTDGARREVVVDAPDTHQDKDRLKDMEHGSSEEGKAATGSAQHLIELEHNRAIKVFGKSIWIGLSITFFAGACYALFSPAFN...
XP_057768636.1
MYLVESKSGAIGCMVVALVFLGTWPALLAQLERRGRLPQHTYLDYSFTNFLTAVVIAFTLGQIGHASPNTPNFFTQLSQENWGCVLMAMAGGVFLGLGNLATQYAWPFVGLSVTEVITSSLAVVLGTSMNYFLDDKMNRAEILFPGVGCFLIAVCLGSAVHSSNDADNAAKLQQLSDKHTDGAREVVVDAPDTHQDKDRLKDMEHGSSEEGKAATGSAQHLIELEHNRAIKVFGKSIWIGLSITFFAGACYALFSPAFNL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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