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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G001216

染色体: Chr06 坐标: 12511007-12517088 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G001216
名称SmilChr06G001216
描述cyclic nucleotide-gated ion channel 2-like
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向12511007 - 12517088 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130988733
GeneID130988733
locus_tag-
NCBI NameLOC130988733
原始查询SmilChr06G001216

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述cyclic nucleotide-gated ion channel 2-like
产物cyclic nucleotide-gated ion channel 2-like
ArabidopsisAT5G15410 (DND1)
Cyclic nucleotide-regulated ion channel family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831393]
identity=68.2; qcov=1; evalue=0; confidence=high
RiceOs03g0758300 (OsCNGC7)
-
identity=66.7; qcov=0.924; evalue=0; confidence=high
GO-
KEGGsmil04626 (Plant-pathogen interaction - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00027 (cNMP_binding); PF00520 (Ion_trans)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130988733

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057768654.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057768654.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057768654.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057768654.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057768654.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:12511158 C CA 1bp_insertion frameshift_variant 2 A15,C38
Chr6:12511158 C CA 1bp_insertion CDS_variant 2 A15,C38
Chr6:12511220 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A21
Chr6:12511653 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C72
Chr6:12511765 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr6:12511793 C CG 1bp_insertion frameshift_variant 3 B115,C47,C56
Chr6:12511793 C CG 1bp_insertion CDS_variant 3 B115,C47,C56
Chr6:12511804 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 1 C50
Chr6:12511804 GC G 1bp_deletion CDS_variant 1 C50
Chr6:12513411 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C17,C76
Chr6:12513420 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C76
Chr6:12513474 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A23,C76

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057768654.1
755 aa
N
1
378
755
Ion_trans
cNMP_binding
C
PF00520 Ion_trans 206-486 aa PF00027 cNMP_binding 588-677 aa
XP_057768655.1
669 aa
N
1
334
669
cNMP_binding
C
PF00027 cNMP_binding 502-591 aa
XP_057768656.1
763 aa
N
1
382
763
Ion_trans
cNMP_binding
C
PF00520 Ion_trans 214-494 aa PF00027 cNMP_binding 596-685 aa
XP_057768657.1
725 aa
N
1
362
725
cNMP_binding
C
PF00027 cNMP_binding 558-647 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057768654.1 Pfam PF00520 Ion_trans Family 206 486 4e-06 26.9 Ion transport protein
XP_057768654.1 Pfam PF00027 cNMP_binding Domain 588 677 8.6e-08 32.8 Cyclic nucleotide-binding domain
XP_057768655.1 Pfam PF00027 cNMP_binding Domain 502 591 7e-08 33.0 Cyclic nucleotide-binding domain
XP_057768656.1 Pfam PF00520 Ion_trans Family 214 494 4.1e-06 26.9 Ion transport protein
XP_057768656.1 Pfam PF00027 cNMP_binding Domain 596 685 8.7e-08 32.7 Cyclic nucleotide-binding domain
XP_057768657.1 Pfam PF00027 cNMP_binding Domain 558 647 8e-08 32.8 Cyclic nucleotide-binding domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XM_057912671.1
TGGGAAAGAGGATTTCATTTGCAACCAAGTAGGTCTCCTCCCCCACAAAAATCCGAGATGAAAAAAAAAAAACATGCATGTCCTACACCTCGCCTCTTCTCCACAAACCCTCCTACCAATTGTCAGCATCACTAGCTACCATGTAATAACACAACATGGCTTGACGATTCATATCCATTCATCAACTTATCACTCCCTTTTTATTCACTACGTCCCATCTCCACTTTCCTCTCACAAGAGTTTAAATGGTTTCCTTCCCA...
XM_057912673.1
GGGAAAGAGGATTTCATTTGCAACCAAGTAGGTCTCCTCCCCCACAAAAATCCGAGATGAAAAAAAAAAAACATGCATGTCCTACACCTCGCCTCTTCTCCACAAACCCTCCTACCAATTGTCAGCATCACTAGCTACCATGTAATAACACAACATGGCTTGACGATTCATATCCATTCATCAACTTATCACTCCCTTTTTATTCACTACGTCCCATCTCCACTTTCCTCTCACAAGAGTTTAAATGGTTTCCTTCCCAC...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC130988733
ATGCATGTCCTACACCTCGCCTCTTCTCCACAAACCCTCCTACCAATTGTCAGCATCACTAGCTACCATGTAATAACACAACATGGCTTGACGATTCATATCCATTCATCAACTTATCACTCCCTTTTTATTCACTACGTCCCATCTCCACTTTCCTCTCACAAGAGTTTAAATGGTTTCCTTCCCACCAAGATGCCTACCAACCCTTTCTCCATCTCAAGACTAGTATCTTGCGTGAAGCGCAGGTGGCTTGGAATATT...
LOC130988733
ATGCATGTCCTACACCTCGCCTCTTCTCCACAAACCCTCCTACCAATTGTCAGCATCACTAGCTACCATGTAATAACACAACATGGCTTGACGATTCATATCCATTCATCAACTTATCACTCCCTTTTTATTCACTACGTCCCATCTCCACTTTCCTCTCACAAGAGTTTAAATGGTTTCCTTCCCACCAAGATGCCTACCAACCCTTTCTCCATCTCAAGGTGGCTTGGAATATTCCGGCGGAAATCCGTGCAGCCCGA...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057768654.1
MHVLHLASSPQTLLPIVSITSYHVITQHGLTIHIHSSTYHSLFIHYVPSPLSSHKSLNGFLPTKMPTNPFSISRWLGIFRRKSVQPDNGDEGDEYQFSSSGECYECTQVGVPVFHSTSCERAGQPEWEASAGSSLLPIKNRPKREKSGRGQGGVLDPRTKRVQRWNRAFLLARGMALAVDPLFFYALSIGRGGSPCLYMDGGLAAAVAVLRTCVDAVHLGHLWLQFRLAYVSRESLVVGCGKLVWDARVIAAHYLRSLKG...
XP_057768655.1
MPTNPFSISRLVSCVKRRWLGIFRRKSVQPDNGDEGDEYQFSSSGECYECTQVGVPVFHSTSCERAGQPEWEASAGSSLLPIKNRPKREKSGRGQGGVLDPRTKRVQRWNRAFLLARGMALAVDPLFFYALSIGRGGSPCLYMDGGLAAAVAVLRTCVDAVHLGHLWLQFRLAYVSRESLVVGCGKLVWDARVIAAHYLRSLKGFWFDVFVILPVPQFLPKVYHCICLMRRMQKVTGYIFGTIWWGFGLNLIAYFIASHV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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