Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr06G001228`

染色体: Chr06 坐标: 12683957-12689040 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr06G001228`
名称	SmilChr06G001228
描述	uncharacterized SmilChr06G001228
染色体 / SeqID	Chr06 / NC_080392.1
坐标与链方向	12683957 - 12689040 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130988747`
GeneID	`130988747`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130988747`
原始查询	`SmilChr06G001228`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os12g0577600; species=rice; confidence=high
产物	hit=Os12g0577600; species=rice; confidence=high
Arabidopsis	`AT3G29180` (AT3G29180) DUF1336 family protein (DUF1336) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822569] identity=46.5; qcov=1.06; evalue=1.08e-156; confidence=high
Rice	`Os12g0577600` - identity=48.2; qcov=1.08; evalue=4.18e-171; confidence=high
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF07059 (EDR2_C)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130988747

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057768673.1`
2	Golgi apparatus	高尔基体	0.20000	`XP_057768673.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057768673.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057768673.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057768673.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr6:12685224`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	D2,D6
`Chr6:12685371`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B78,C14,C85
`Chr6:12686463`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B44,B77
`Chr6:12686542`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B63,B83,C21
`Chr6:12686595`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D4
`Chr6:12686691`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D4
`Chr6:12687006`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B93
`Chr6:12687098`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B78,C14,C85
`Chr6:12687179`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr6:12687387`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D4
`Chr6:12687802`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B2,C82

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057768673.1

540 aa

270

540

EDR2_C

PF07059 EDR2_C 283-523 aa

XP_057768674.1

540 aa

270

540

EDR2_C

PF07059 EDR2_C 283-523 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057768673.1`	Pfam	`PF07059`	EDR2_C	Domain	283	523	2.5e-59	201.4	Protein ENHANCED DISEASE RESISTANCE 2, C-terminal
`XP_057768674.1`	Pfam	`PF07059`	EDR2_C	Domain	283	523	2.5e-59	201.4	Protein ENHANCED DISEASE RESISTANCE 2, C-terminal

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057912690.1
TAACATGGATGATTCACCACCTATAATAACAACGAGAAAAAAGGAGGCAACACACCAATTAAACAGACCAAACAACGTTGCTATCTCCCATCTTCCCTTTTCTTCTCTGTATCTTCAACAACTATAGATACAGAAAGGGAAAGAAAAAGGGAAGAAAATAGAGAGGCGAAAGATTCAAGCTTGGAGTTTCTATTTGGATCCCCACATTGCCGGACCCACTTCTCCTTTTCCCCTGGAAAGCCTTTGTTACAGTTCATTAG...

XM_057912691.1
ATTCACCACCTATAATAACAACGAGAAAAAAGGAGGCAACACACCAATTAAACAGACCAAACAACGTTGCTATCTCCCATCTTCCCTTTTCTTCTCTGTATCTTCAACAACTATAGATACAGAAAGGGAAAGAAAAAGGGAAGAAAATAGAGAGGCGAAAGATTCAAGCTTGGAGTTTCTATTTGGATCCCCACATTGCCGGACCCACTTCTCCTTTTCCCCTGGAAAGCCTTTGTTACAGAGACTTAGAGATTGAATTA...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC130988747
ATGGGTGCTTGTGTATCATCTCCATATATAGCAACTAAACCATCAAAAAGTAGTAGAGTGAGAAGGTATTATGGCCGCTCCAAAAAGAGACACGTGAAATCGGCTTCAGAGGTGAATAGGAAAAGGAATAGTGATGCAGGAGCTCGAGTGTCTACAGATTTTGCTGTTAGTGAGTTTGTTCACACAACTACCAAATGCAAAAGATCGTCAGTCTCTAATTCCACTTTCCATCTCACTCAGCTGCAGTTCCACCATAGTCA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057768673.1
MGACVSSPYIATKPSKSSRVRRYYGRSKKRHVKSASEVNRKRNSDAGARVSTDFAVSEFVHTTTKCKRSSVSNSTFHLTQLQFHHSQIDVNGMYQEEWFDTVSLLESDSDDDFSSVHGDYAPYTNGQVLHYEVDSKSNFKELFSSKDGLMLIDTQRKELPCLVNSEDTGAVKTLKLDRAYLSFNNVKVDASDHNDKASETLLKSVLPTLVPTLSFNDKMHNSVNSGPQSQRKSATIIRLSITKKSVEEETNEFCASATKY...

XP_057768674.1
MGACVSSPYIATKPSKSSRVRRYYGRSKKRHVKSASEVNRKRNSDAGARVSTDFAVSEFVHTTTKCKRSSVSNSTFHLTQLQFHHSQIDVNGMYQEEWFDTVSLLESDSDDDFSSVHGDYAPYTNGQVLHYEVDSKSNFKELFSSKDGLMLIDTQRKELPCLVNSEDTGAVKTLKLDRAYLSFNNVKVDASDHNDKASETLLKSVLPTLVPTLSFNDKMHNSVNSGPQSQRKSATIIRLSITKKSVEEETNEFCASATKY...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器