Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr06G001239`

染色体: Chr06 坐标: 12776232-12777750 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr06G001239`
名称	SmilChr06G001239
描述	uncharacterized SmilChr06G001239
染色体 / SeqID	Chr06 / NC_080392.1
坐标与链方向	12776232 - 12777750 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130990507`
GeneID	`130990507`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130990507`
原始查询	`SmilChr06G001239`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os06g0523701; species=rice; confidence=medium
产物	hit=Os06g0523701; species=rice; confidence=medium
Arabidopsis	`-` -
Rice	`Os06g0523701` - identity=36.5; qcov=0.462; evalue=1.57e-40; confidence=medium
GO	GO:0003676 (nucleic acid binding)
KEGG	-
Pfam	PF24964 (DUF7769)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130990507

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057770719.1`
2	Chromosome	染色体	0.20000	`XP_057770719.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057770719.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057770719.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057770719.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr6:12776332`	`AC`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	7	B104,B27,B55,B85,B94,C2,C74
`Chr6:12776390`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	1	B93
`Chr6:12776390`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B93
`Chr6:12776409`	`TC`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	2	A5,C61
`Chr6:12776409`	`TC`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	2	A5,C61
`Chr6:12776412`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B130
`Chr6:12776414`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	11	B127,B129,B132,B30,B4,B54,B58,C10,C38,C59,C81
`Chr6:12776454`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr6:12776455`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr6:12776464`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr6:12776495`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B106,B41,B43,B59
`Chr6:12776514`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B106,B41,B59

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057770719.1

463 aa

232

463

DUF7769

PF24964 DUF7769 6-60 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057770719.1`	Pfam	`PF24964`	DUF7769	Domain	6	60	1.3e-08	35.0	Domain of unknown function (DUF7769)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057914736.1
ATGGGGCGAAAAGATCTATCAACAGGCGATAGAAACTCGATCGTGCAGTTTATTCTTGAAGACAGCCAAGGTGGAAAGCCAAAACGGGGCAGAATTCAGGCTGCTGCTGTCAAGTTCGGCGTTTGCCGTCGGACGGTGACGCGACTATGGACTGCTGCAAAAAAACAACAGAATCAAGGTCAGCATATGCATTCAATCAGTGGCAAAATCAATAAACTACGACGCAAGAGAGTTGAAATAGATCTTCAATTAATTTCAAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130990507
ATGGGGCGAAAAGATCTATCAACAGGCGATAGAAACTCGATCGTGCAGTTTATTCTTGAAGACAGCCAAGGTGGAAAGCCAAAACGGGGCAGAATTCAGGCTGCTGCTGTCAAGTTCGGCGTTTGCCGTCGGACGGTGACGCGACTATGGACTGCTGCAAAAAAACAACAGAATCAAGGTCAGCATATGCATTCAATCAGTGGCAAAATCAATAAACTACGACGCAAGAGAGTTGAAATAGATCTTCAATTAATTTCAAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057770719.1
MGRKDLSTGDRNSIVQFILEDSQGGKPKRGRIQAAAVKFGVCRRTVTRLWTAAKKQQNQGQHMHSISGKINKLRRKRVEIDLQLISTLELSKRSTIRRLASGINCSKSTVGRWISKGLIRAHTSAIKPDLTAPNKLLRLKFSLEAIEYDRILKVLQFKSMHNTVHIDEKWFYITKANHRFYLTPGEAEPHRTCKSKKFITKVMFMCAVCRPLIAEDGTVLFDGKIGIFPFTEYVPAKRNSKNREAGTLEQKPIQSITKEV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器