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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G001258

染色体: Chr06 坐标: 13091047-13094479 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G001258
名称SmilChr06G001258
描述receptor-like protein EIX1
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向13091047 - 13094479 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130990515
GeneID130990515
locus_tag-
NCBI NameLOC130990515
原始查询SmilChr06G001258

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述receptor-like protein EIX1
产物receptor-like protein EIX1
ArabidopsisAT2G34930 (AT2G34930)
disease resistance family protein / LRR family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818058]
identity=32.7; qcov=0.984; evalue=2.03e-122; confidence=low
RiceOs01g0601675
-
identity=33.3; qcov=1.02; evalue=4.79e-143; confidence=low
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF00560 (LRR_1); PF08263 (LRRNT_2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130990515

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057770726.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057770726.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057770726.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057770726.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057770726.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:13091338 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C22
Chr6:13091508 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C22
Chr6:13091856 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr6:13092294 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B26,B34,B80,C40,C85
Chr6:13092475 CA C 1bp_deletion frameshift_variant 3 A15,B9,C38
Chr6:13092475 CA C 1bp_deletion CDS_variant 3 A15,B9,C38
Chr6:13092499 CT C 1bp_deletion frameshift_variant 1 C48
Chr6:13092499 CT C 1bp_deletion CDS_variant 1 C48
Chr6:13092775 ATG A 2bp_deletion frameshift_variant 3 A20,A25,B127
Chr6:13092775 ATG A 2bp_deletion CDS_variant 3 A20,A25,B127
Chr6:13092898 CAT * 2bp_deletion CDS_variant 1 B75
Chr6:13092980 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 2 B73,C41

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057770726.1
973 aa
N
1
486
973
LRRNT_2
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
C
PF08263 LRRNT_2 30-55 aa PF00560 LRR_1 80-101 aa PF00560 LRR_1 333-354 aa PF00560 LRR_1 362-381 aa PF00560 LRR_1 385-407 aa PF00560 LRR_1 410-432 aa PF00560 LRR_1 576-596 aa PF00560 LRR_1 604-625 aa PF00560 LRR_1 628-649 aa PF00560 LRR_1 652-674 aa PF00560 LRR_1 702-723 aa PF00560 LRR_1 725-746 aa PF00560 LRR_1 801-821 aa PF00560 LRR_1 825-844 aa PF00560 LRR_1 848-867 aa PF00560 LRR_1 874-890 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057770726.1 Pfam PF08263 LRRNT_2 Family 30 55 0.00028 21.8 Leucine rich repeat N-terminal domain
XP_057770726.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 80 101 7.6e-53 165.7 Leucine Rich Repeat
XP_057770726.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 333 354 7.6e-53 165.7 Leucine Rich Repeat
XP_057770726.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 362 381 7.6e-53 165.7 Leucine Rich Repeat
XP_057770726.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 385 407 7.6e-53 165.7 Leucine Rich Repeat
XP_057770726.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 410 432 7.6e-53 165.7 Leucine Rich Repeat
XP_057770726.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 576 596 7.6e-53 165.7 Leucine Rich Repeat
XP_057770726.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 604 625 7.6e-53 165.7 Leucine Rich Repeat
XP_057770726.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 628 649 7.6e-53 165.7 Leucine Rich Repeat
XP_057770726.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 652 674 7.6e-53 165.7 Leucine Rich Repeat
XP_057770726.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 702 723 7.6e-53 165.7 Leucine Rich Repeat
XP_057770726.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 725 746 7.6e-53 165.7 Leucine Rich Repeat
XP_057770726.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 801 821 7.6e-53 165.7 Leucine Rich Repeat
XP_057770726.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 825 844 7.6e-53 165.7 Leucine Rich Repeat
XP_057770726.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 848 867 7.6e-53 165.7 Leucine Rich Repeat
XP_057770726.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 874 890 7.6e-53 165.7 Leucine Rich Repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057914743.1
ATGAGTGCCTCAAATCCAACACTGCCATTCGTCCTTGTTTTCGTCCTCACTTGTCTCAGATTGAGCAACGCCATATTCTGTCCACTTAATCAACAACACTCACTTCTAAGCTTCAAGCATTCTTTGCAAGATCCCTACCATCAACTCTCTTCATGGAACGACGACGGTGAAATCAATATTGCTGCAAATGGAAGGGCTTTGAGAGGCCCAATCAATCCATCTCTGCTCAATCTCACGCACTTGACTCATCTCGACTTGAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130990515
ATGAGTGCCTCAAATCCAACACTGCCATTCGTCCTTGTTTTCGTCCTCACTTGTCTCAGATTGAGCAACGCCATATTCTGTCCACTTAATCAACAACACTCACTTCTAAGCTTCAAGCATTCTTTGCAAGATCCCTACCATCAACTCTCTTCATGGAACGACGACGGTGAAATCAATATTGCTGCAAATGGAAGGGCTTTGAGAGGCCCAATCAATCCATCTCTGCTCAATCTCACGCACTTGACTCATCTCGACTTGAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057770726.1
MSASNPTLPFVLVFVLTCLRLSNAIFCPLNQQHSLLSFKHSLQDPYHQLSSWNDDGEINIAANGRALRGPINPSLLNLTHLTHLDLSLNNFQQTIPSFIGSFTNLQRLNLSFAGFYGKIPHNIGNLSRLRSLDLAGFPNIVSADHLKHYHSIHLAGYPQMEYAAAVNNPNLLHVDSLEWLPRLSNMEHLNMNFVNLSKANNWLQVINTLPSLLHLSLQNCSLDYISPLAYDLNITSLTLLDLSSNNFHSLEVPTWILRLN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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