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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr06G001268`

染色体: Chr06 坐标: 13249770-13252459 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr06G001268`
名称	SmilChr06G001268
描述	probable pectate lyase P59
染色体 / SeqID	Chr06 / NC_080392.1
坐标与链方向	13249770 - 13252459 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130988775`
GeneID	`130988775`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130988775`
原始查询	`SmilChr06G001268`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	probable pectate lyase P59
产物	probable pectate lyase P59
Arabidopsis	`AT3G01270` (AT3G01270) Pectate lyase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821142] identity=54.2; qcov=1.05; evalue=1.44e-179; confidence=high
Rice	`Os02g0214400` (OsPLL3) - identity=53.6; qcov=0.991; evalue=1.81e-166; confidence=high
GO	GO:0030570 (pectate lyase activity)
KEGG	smil00040 (Pentose and glucuronate interconversions - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00544 (Pectate_lyase_4); PF04431 (Pec_lyase_N)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130988775

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Secreted	分泌到胞外	0.80000	`XP_057768716.1`
2	Vacuole	液泡	0.20000	`XP_057768716.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057768716.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057768716.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057768716.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr6:13251220`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B139,B32,C4,C48
`Chr6:13251288`	`GT`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	3	A16,B134,B8
`Chr6:13251288`	`GT`	`G`	1bp_deletion	CDS_variant	3	A16,B134,B8
`Chr6:13251296`	`G`	`GA`	1bp_insertion	frameshift_variant	3	A16,B134,B8
`Chr6:13251296`	`G`	`GA`	1bp_insertion	CDS_variant	3	A16,B134,B8
`Chr6:13251310`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr6:13251363`	`G`	`GC`	1bp_insertion	frameshift_variant	23	A16,B120,B125,B127,B134,B24,B29,B31,B59,B60,B65,B66,B79,B8,B86,C12,C26,C48,C87,C9,D1,D11,D2
`Chr6:13251364`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr6:13251394`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B2
`Chr6:13251406`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D8
`Chr6:13251473`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B110,C19,C57
`Chr6:13251520`	`G`	`GAC`	2bp_insertion	frameshift_variant	2	B110,C57

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057768716.1

448 aa

224

448

Pec_lyase_N

Pectate_lyase_4

PF04431 Pec_lyase_N 26-88 aa PF00544 Pectate_lyase_4 184-378 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057768716.1`	Pfam	`PF04431`	Pec_lyase_N	Family	26	88	3.5e-20	72.7	Pectate lyase, N terminus
`XP_057768716.1`	Pfam	`PF00544`	Pectate_lyase_4	Repeat	184	378	5.4e-20	72.4	Pectate lyase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057912733.1
GTACGAAGAACTAGTTCATTCTCCCTCTCCTTTTTTTTTTCCTCCTTTTTCTTCTTACTATCCAAGGACATGATCCATAACATTTGAGTGTTATAATCTGAGTTTGCAAATAGCTACGGGTTTCAATACGAGACCCGTAGCGGGCAATTCAGAAATAAAGGGAGCATTACTCCCCAAAAAATATACATATACATATACATATACACATATATATATGTGCAGTTAAATGGAAGGAAATAAAATGAGTTCAAGGTTGATTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130988775
ATGGAAGGAAATAAAATGAGTTCAAGGTTGATTTTATTTGTTGTTGTTGGTTCGATTTTGCCAGTCCTTAATGCAAATATTGGAGAATGGGATGAGGTATGGCGGAGGCGGGCCGATGAGGCATGGAACCGTACACTTGAGGCCTATCATCCCAATCCCGAAAACATAGTCGATCACTTAAATGTGCACGTCAACAGAGCGCTAAAAGAAATAGAAGAGGGTGAAGGAATGAATCTCAAGTCAAATAGCACTCGGAGGCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057768716.1
MEGNKMSSRLILFVVVGSILPVLNANIGEWDEVWRRRADEAWNRTLEAYHPNPENIVDHLNVHVNRALKEIEEGEGMNLKSNSTRRHLMKGYKGPCMATNPIDRCWRCQPDWAENRFRLADCVLGFGGRTIGGKGGRIYVVTDPSDDDVQNPRPGTLRHAVIQKEPLWIVFHRSMVIRLQQELIMQSDKTIDGRGVRVEIGYGAGITIQFVRNVIIHGIKIHDIVSKEGGLIRDSVDHFGLRTQSDGDGISIFGSQDVWI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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