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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G001284

染色体: Chr06 坐标: 13423167-13425705 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G001284
名称SmilChr06G001284
描述glucan endo-1,3-beta-glucosidase 8-like
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向13423167 - 13425705 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130988769
GeneID130988769
locus_tag-
NCBI NameLOC130988769
原始查询SmilChr06G001284

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述glucan endo-1,3-beta-glucosidase 8-like
产物glucan endo-1%2C3-beta-glucosidase 8-like
ArabidopsisAT1G64760 (AT1G64760)
O-Glycosyl hydrolases family 17 protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842784]
identity=75.9; qcov=0.937; evalue=0; confidence=high
RiceOs03g0792800 (OSJNBb0060J21.19)
-
identity=70.8; qcov=0.918; evalue=0; confidence=high
GOGO:0004553 (hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds); GO:0005886 (plasma membrane); GO:0005975 (carbohydrate metabolic process)
KEGG-
PfamPF00332 (Glyco_hydro_17); PF07983 (X8)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130988769

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 0.80000 XP_057768710.1
2 Cell wall 细胞壁 0.40000 XP_057768710.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057768710.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057768710.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057768710.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:13424143 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B26,C37,C77,D4
Chr6:13425014 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B72
Chr6:13425218 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr6:13425257 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A18,C82,C85
Chr6:13425362 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B109
Chr6:13425401 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C48
Chr6:13425419 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr6:13425493 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B15
Chr6:13425534 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B103,C13

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057768710.1
478 aa
N
1
239
478
Glyco_hydro_17
X8
C
PF00332 Glyco_hydro_17 21-340 aa PF07983 X8 362-432 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057768710.1 Pfam PF00332 Glyco_hydro_17 Domain 21 340 1.2e-63 216.3 Glycosyl hydrolases family 17
XP_057768710.1 Pfam PF07983 X8 Domain 362 432 2.9e-16 60.6 X8 domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057912727.1
ACTTCCCATTCATTCACACACAAAATAATTAATATCTACGCTGTATTTTGTTTATTTTTTATTTGGATTGATTCAAATTAAAAGCGTAAAATGGAGTACCTGATGAAGAGCTGTATCTATATAAAGTAAAAGGATGCGTCGCTTTCCCTCTGTAACCCCCATTTCTCTTCCTTATTACATATCAGATTCAGATAGATAGATTGTGTCGGCAGTCGACCTCTGAGTTGTCGACTTCTTCTTCTTCATCCTCTCTCTCCTCG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130988769
ATGTGGAGATCAATAGTAACAGTAATGTGTTTGGTATTATTGGAATTGGGGGTTTCGGGGCTTGGGGTGAACTGGGGCACCATGGCAAACCACAAGCTGCCGCCGAAGACGGTGGTGCAGCTGCTCAAAGACAACGGAATCAACAAGGTGAAGCTCTTCGACGCCGATCAGTCCACCATGAGCGCTCTCGCCGGCTCCGGCATTGAAGTGATGCTCGCCATCCCTAACGCCGACCTCTCTGCTATGACCACCTACAGTCG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057768710.1
MWRSIVTVMCLVLLELGVSGLGVNWGTMANHKLPPKTVVQLLKDNGINKVKLFDADQSTMSALAGSGIEVMLAIPNADLSAMTTYSRAKEWVRRNVTRYNFQGGVTIKYVAVGNEPFLTSYNGSFLKTTFPALENIQNALNEAGFGESIKATVPLNADVYGSPESNPVPSAGRFRPDILSQMTEIVQFLGKNKAPFTINIYPFLSLYANEHFPVDYAFFDGVSSPILDNGIQYTNVFDANFDTLVSSLRAVGLGDMEIIV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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