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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G001291

染色体: Chr06 坐标: 13474572-13476361 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G001291
名称SmilChr06G001291
描述uncharacterized SmilChr06G001291
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向13474572 - 13476361 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130988812
GeneID130988812
locus_tag-
NCBI NameLOC130988812
原始查询SmilChr06G001291

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130988812

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057768761.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057768761.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057768761.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057768761.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057768761.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:13475405 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B71
Chr6:13475435 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B128,B140,C11,C69
Chr6:13475488 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B44,C75
Chr6:13475504 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C2
Chr6:13475533 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 32 A19,A22,A3,B10,B102,B104,B12,B120,B133,B134,B21,B22,B41,B45,B52,B7,B81,B83,B84,B87,B95,B98,C12,C24,C27,C29,C30,C53,C54,C58,C59,C75
Chr6:13475536 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B129
Chr6:13475549 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B128,B140,C11,C69
Chr6:13476011 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B128,C30,C32
Chr6:13476012 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B1
Chr6:13476016 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B132
Chr6:13476017 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B112,B56,C68,C8
Chr6:13476020 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B133,B73

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057912778.1
TTAACCGAATAACCGAATTTTTTTAATTAATTTAATATTTTAATTATTAATTAGTAGAAAAATAGAAATTACAAAATTGGGAGAAAATTGAATGAACCCTAGTCCAGCTTCCCTCCTCCCGTCAGTTTTGTTCGAACTTCTGCCCATCTTCCTCTTCCCAAATCCCGTCGCCCTCTCCTCTCCGTCCGACCGTCCAACGCCGTCCGCCGCCTCCGTGAGACGCCGCCCTGCCCTTCGCCACGCTGCATCAGTCTACGCCG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130988812
ATGAACCCTAGTCCAGCTTCCCTCCTCCCGTCAGTTTTGTTCGAACTTCTGCCCATCTTCCTCTTCCCAAATCCCGTCGCCCTCTCCTCTCCGTCCGACCGTCCAACGCCGTCCGCCGCCTCCGTGAGACGCCGCCCTGCCCTTCGCCACGCTGCATCAGTCTACGCCGCCCTGCCCTTCGATTCTGAATCAGTCCACGACTCCAGGCTGCTCCGCGACGCAGCTCCGCCACGCCGCCGGCCACTTCGCTGTTCGTCCGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057768761.1
MNPSPASLLPSVLFELLPIFLFPNPVALSSPSDRPTPSAASVRRRPALRHAASVYAALPFDSESVHDSRLLRDAAPPRRRPLRCSSAAPIKWKLHRNILNKLQMSLQMQIQMEKNLNLSHIQKPLLPQEKRGKLLRGKLLSKDPLVGQTTPWSKLK

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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