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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G001292

染色体: Chr06 坐标: 13476947-13477571 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G001292
名称SmilChr06G001292
描述uncharacterized SmilChr06G001292
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向13476947 - 13477571 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130990523
GeneID130990523
locus_tag-
NCBI NameLOC130990523
原始查询SmilChr06G001292

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130990523

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057770734.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057770734.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057770734.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057770734.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057770734.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:13476955 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B103,B8
Chr6:13476956 GT G 1bp_deletion frameshift_variant 51 A11,A14,A18,A9,B111,B114,B119,B122,B135,B14,B15,B19,B21,B24,B3,B40,B43,B47,B49,B5,B53,B56,B64,B66,B82,B86,B93,B96,B99,C10,C12,C13,C24,C27,C30,C32,C51,C53,C55,C60,C72,C73,C75,C8,C82,C83,C84,C85,D1,D10,D4
Chr6:13476958 TCA T 2bp_deletion frameshift_variant 2 B104,B63
Chr6:13476958 TCA T 2bp_deletion CDS_variant 2 B104,B63
Chr6:13477010 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C9
Chr6:13477011 A AT 1bp_insertion frameshift_variant 5 B24,B36,B40,B82,C8
Chr6:13477011 A AT 1bp_insertion CDS_variant 5 B24,B36,B40,B82,C8
Chr6:13477033 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A14,B94,C71
Chr6:13477051 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B83
Chr6:13477069 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 27 A1,A25,A6,B102,B11,B112,B119,B121,B122,B131,B14,B23,B33,B36,B53,B56,B72,B73,B98,C14,C16,C37,C59,C73,C74,C77,D10
Chr6:13477073 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B83,B94,C37
Chr6:13477086 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B15,B37,B39

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057914751.1
ATGAAAGGTCGCTGGAAACGTCTTAACGAAAATATAAACAAATGGGTTGCTGTTAGCAGGAAAGCAAACGCTCGAAGAAGTGGGATGAGCGACAACGATGTTGAGAAAGAAGCTCATTCCATTTACGAAGCAGGTGGAAACAAGTTTCTAGACTTGGTTGTATTTAATGAAATTATGAGTAAACATCCCAAGTGGAATGTTCATGATACCACCCCTGTTTTTCGCCGTCAAAGTGAAGATGTTGATGACCAACAAAGTGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130990523
ATGAAAGGTCGCTGGAAACGTCTTAACGAAAATATAAACAAATGGGTTGCTGTTAGCAGGAAAGCAAACGCTCGAAGAAGTGGGATGAGCGACAACGATGTTGAGAAAGAAGCTCATTCCATTTACGAAGCAGGTGGAAACAAGTTTCTAGACTTGGTTGTATTTAATGAAATTATGAGTAAACATCCCAAGTGGAATGTTCATGATACCACCCCTGTTTTTCGCCGTCAAAGTGAAGATGTTGATGACCAACAAAGTGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057770734.1
MKGRWKRLNENINKWVAVSRKANARRSGMSDNDVEKEAHSIYEAGGNKFLDLVVFNEIMSKHPKWNVHDTTPVFRRQSEDVDDQQSGDSSKRSKTSKDGGFSITSNLETPTSEQLTATQILAMRLTRDAEAELIKTRIDLEREKLQRNAMKMKEKMLLQLLSKEHLSPKDEEMNVN

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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