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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G001294

染色体: Chr06 坐标: 13481016-13482299 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G001294
名称SmilChr06G001294
描述uncharacterized SmilChr06G001294
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向13481016 - 13482299 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130988805
GeneID130988805
locus_tag-
NCBI NameLOC130988805
原始查询SmilChr06G001294

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831931]; symbol=AT5G18130; hit=AT5G18130; species=arabidopsis; confidence=low
产物uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831931]; symbol=AT5G18130; hit=AT5G18130; species=arabidopsis; confidence=low
ArabidopsisAT5G18130 (AT5G18130)
uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831931]
identity=31.6; qcov=1.35; evalue=3.1e-27; confidence=low
RiceOs03g0806600
-
identity=36.1; qcov=0.517; evalue=1.28e-16; confidence=low
GO-
KEGG-
PfamPF20705 (DUF6821)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130988805

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 0.20000 XP_057768753.1
2 Nucleus membrane 核膜 0.20000 XP_057768753.1
3 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057768753.1
4 Cell membrane 细胞膜 0.20000 XP_057768753.1
5 Endoplasmic reticulum 内质网 0.20000 XP_057768753.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:13481517 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B24,B40,B82,C8
Chr6:13481531 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B67,B98
Chr6:13481838 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B52,B70,B71,C62

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057768753.1
209 aa
N
1
104
209
DUF6821
DUF6821
C
PF20705 DUF6821 75-104 aa PF20705 DUF6821 106-207 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057768753.1 Pfam PF20705 DUF6821 Family 75 104 2.6e-43 148.6 Family of unknown function (DUF6821)
XP_057768753.1 Pfam PF20705 DUF6821 Family 106 207 2.6e-43 148.6 Family of unknown function (DUF6821)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057912770.1
AAGGTGAAGTTAGTTTATTTTATTTAATTATGTTATTTAAAATGAAAATTGAATTGATGATATGTACGACCTTCACATCAAACCCATCGCAAATAACAAATCAATATTCGGAAGAAAATAAAGAAAATATCTAGAGGCACAGCTGAGTCCAATGAAGAAGAGTAAGCTGGAGGTTAATTGTGGGCCCCATGCACCATCTACATCTACATCTACATGTTTTTGAAGAAATGAAGAAATGAGTTCCACGATTCATCTCTCCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130988805
ATGGAGGTTGAGGATGAGTGGGAGCTCCTCTCCGACGAGGGCTACCTCGAGATCAGCGACGACGCCGGCAAGCAGATTTACTCCCGCAACCCCGCCGCCGCCGTTGTTGTCCACACGAACTACTTCATCTGCCCGCCACCCCCTCAATTTGTCGAAACTACCGCCAGTCGCCTTCTCCCTGCTCCCGATCCTGATCAGCCGATTCAGATTAATATCGAGTCCGATCAGGATCCGATTTCACAAGTTTTCTTCAAAAAGAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057768753.1
MEVEDEWELLSDEGYLEISDDAGKQIYSRNPAAAVVVHTNYFICPPPPQFVETTASRLLPAPDPDQPIQINIESDQDPISQVFFKKMKEAEFVDMKVESPKPSKFEAKEDPCKFDAEMAIENEKDDGANAWKRSLSGIGAICSFGVAAATFCIIVFTNKHPHHHNHKLQFRIYTDDKRRMKVKGAIAAVSGVPISRARITVGGYYDAAI

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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