Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr06G001300`

染色体: Chr06 坐标: 13551704-13554685 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr06G001300`
名称	SmilChr06G001300
描述	uncharacterized SmilChr06G001300
染色体 / SeqID	Chr06 / NC_080392.1
坐标与链方向	13551704 - 13554685 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130988754`
GeneID	`130988754`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130988754`
原始查询	`SmilChr06G001300`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	Aminotransferase-like, plant mobile domain family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831969]; symbol=AT5G18510; hit=AT5G18510; species=arabidopsis; confidence=weak
产物	Aminotransferase-like, plant mobile domain family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831969]; symbol=AT5G18510; hit=AT5G18510; species=arabidopsis; confidence=weak
Arabidopsis	`AT5G18510` (AT5G18510) Aminotransferase-like, plant mobile domain family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831969] identity=20.6; qcov=0.504; evalue=2.73e-08; confidence=weak
Rice	`-` -
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF10536 (PMD)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130988754

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057768685.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057768685.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057768685.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057768685.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057768685.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr6:13551855`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A22,B32
`Chr6:13551901`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C67,C87
`Chr6:13551972`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A1
`Chr6:13552038`	`C`	`CT`	1bp_insertion	frameshift_variant	5	A4,B120,B77,B85,D3
`Chr6:13552038`	`C`	`CT`	1bp_insertion	CDS_variant	5	A4,B120,B77,B85,D3
`Chr6:13552045`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B104,B105,B18,B73,C30
`Chr6:13552047`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B138,B29,B83,C26
`Chr6:13552176`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B77
`Chr6:13552207`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A1,A6,B101
`Chr6:13552219`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A1,A6,B101
`Chr6:13552288`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A1,A6,B101,C36
`Chr6:13552353`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A5,B69,B98,D8

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057768685.1

877 aa

438

877

PMD

PF10536 PMD 308-552 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057768685.1`	Pfam	`PF10536`	PMD	Domain	308	552	2.6e-26	93.4	Plant mobile domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057912702.1
ATATATATAATTCAATCTTGCCTCCTTTTGCTTGCCTCCTTTTATCTTGACTAGAATTTAATTCACATTTTATTTAAATGCAAATAAATTTCTAAGTCTGGATGTGTTGCTTCCTTGCAGTGTCACGATGGTGGTCTTCAAAGATATTGTGGTCAATGGTCAAGACTATTTGCTGATCTTGAGTGATGATGAGCAAGAGACGGAAATGGGCACGCATCTAAGAGTATTTCCGGCATTGATAGGCCACTATGTGAAACCTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130988754
ATGGTGGTCTTCAAAGATATTGTGGTCAATGGTCAAGACTATTTGCTGATCTTGAGTGATGATGAGCAAGAGACGGAAATGGGCACGCATCTAAGAGTATTTCCGGCATTGATAGGCCACTATGTGAAACCTTGGCCCAAACTTTTGAATTCTCTATATCAGTCGGAATGGACCAGCGAGATCAGTTTGAACAAAGCGTCGAAAGCTCATACATTGCATCCGGCCCGTCCTTGGCAAAGCAAGGAGTCCAATTTTCTATT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057768685.1
MVVFKDIVVNGQDYLLILSDDEQETEMGTHLRVFPALIGHYVKPWPKLLNSLYQSEWTSEISLNKASKAHTLHPARPWQSKESNFLLTLRRRIIDKDAKWGRVTSFRGEFHFFEGYWEWTEDILSRCGNELRVVGIYDAVYASLFTYDCQPEMVKAFCEAWCPATNTILTSSGEMSISLWDLQYLSGLPCTGTLYDEVVPCAKEILGKDQFGNPFIPLSCRYLLSAYYSLKHRDGKDPKSSVSIDEWIKFWSKKASKYSH...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器