当前解析结果
SmilChr06G001301| 统一新 Gene ID | SmilChr06G001301 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr06G001301 |
| 描述 | delta(8)-fatty-acid desaturase-like |
| 染色体 / SeqID | Chr06 / NC_080392.1 |
| 坐标与链方向 | 13555112 - 13556113 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130988814 |
|---|---|
| GeneID | 130988814 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130988814 |
| 原始查询 | SmilChr06G001301 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | delta(8)-fatty-acid desaturase-like |
| 产物 | delta(8)-fatty-acid desaturase-like |
| Arabidopsis | AT3G61580 (SLD1)Fatty acid/sphingolipid desaturase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825331] identity=57.1; qcov=0.842; evalue=6.82e-41; confidence=medium |
| Rice | Os09g0338500- identity=51.4; qcov=0.835; evalue=1.35e-31; confidence=medium |
| GO | GO:0006629 (lipid metabolic process); GO:0016020 (membrane); GO:0016717 (oxidoreductase activity, acting on paired donors, with oxidation of a pair of donors resulting in the reduction of molecular oxygen to two molecules of water) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00173 (Cyt-b5) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130988814 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057768764.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.40000 | XP_057768764.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057768764.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057768764.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057768764.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr6:13555287 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B66 |
Chr6:13555373 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C86 |
Chr6:13555376 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B97 |
Chr6:13555396 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B66,B8,C47 |
Chr6:13555412 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B115,B56,C38,C44 |
Chr6:13555416 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B66,B8,C47,C86 |
Chr6:13555451 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A15,C36 |
Chr6:13555529 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B22,B41 |
Chr6:13555619 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057768764.1PF00173
Cyt-b5 9-77 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057768764.1 |
Pfam | PF00173 |
Cyt-b5 | Domain | 9 | 77 | 1.8e-22 | 79.9 | Cytochrome b5-like Heme/Steroid binding domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。