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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G001306

染色体: Chr06 坐标: 13572439-13573585 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G001306
名称SmilChr06G001306
描述NADPH-dependent aldehyde reductase-like protein, chloroplastic
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向13572439 - 13573585 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130988797
GeneID130988797
locus_tag-
NCBI NameLOC130988797
原始查询SmilChr06G001306

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述NADPH-dependent aldehyde reductase-like protein, chloroplastic
产物NADPH-dependent aldehyde reductase-like protein%2C chloroplastic
ArabidopsisAT3G03980 (AT3G03980)
NAD(P)-binding Rossmann-fold superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819553]
identity=67.4; qcov=0.996; evalue=3.06e-126; confidence=high
RiceOs07g0561500
-
identity=65.2; qcov=0.965; evalue=1.07e-103; confidence=high
GOGO:0016491 (oxidoreductase activity)
KEGGsmil00061 (Fatty acid biosynthesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00780 (Biotin metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01110 (Biosynthesis of secondary metabolites - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01212 (Fatty acid metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01240 (Biosynthesis of cofactors - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00106 (adh_short); PF08659 (KR); PF13561 (adh_short_C2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130988797

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057768743.1
2 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057768743.1
3 Peroxisome 过氧化物酶体 0.40000 XP_057768743.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057768743.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057768743.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:13572597 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C1
Chr6:13572734 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A10,C43,C78
Chr6:13572768 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A3,B45,B89,C10,C72
Chr6:13572885 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr6:13572911 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A3,B45,B89,C10,C72
Chr6:13572964 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C1
Chr6:13573070 GT G 1bp_deletion frameshift_variant 1 B26
Chr6:13573070 GT G 1bp_deletion CDS_variant 1 B26
Chr6:13573095 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B15
Chr6:13573157 T TAG 2bp_insertion frameshift_variant 27 A1,A16,A9,B108,B111,B131,B139,B17,B25,B61,B83,B98,C10,C12,C16,C27,C32,C35,C49,C58,C61,C63,C67,C68,C71,C8,D11
Chr6:13573159 TTA T 2bp_deletion frameshift_variant 27 A1,A16,A9,B108,B111,B131,B139,B17,B25,B50,B61,B83,B98,C10,C12,C16,C27,C32,C35,C49,C58,C61,C63,C68,C71,C8,D11
Chr6:13573190 C CGG 2bp_insertion frameshift_variant 22 A1,A9,B108,B111,B17,B25,B83,C10,C12,C16,C27,C32,C35,C49,C58,C61,C63,C67,C68,C71,C8,D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057768743.1
259 aa
N
1
130
259
adh_short
KR
adh_short_C2
C
PF00106 adh_short 14-205 aa PF08659 KR 17-186 aa PF13561 adh_short_C2 20-258 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057768743.1 Pfam PF00106 adh_short Domain 14 205 2.1e-47 161.9 short chain dehydrogenase
XP_057768743.1 Pfam PF08659 KR Family 17 186 7.7e-14 52.7 KR domain
XP_057768743.1 Pfam PF13561 adh_short_C2 Domain 20 258 3.7e-59 200.9 Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057912760.1
GAAGCAAAGACGTTTTAAAACAGCCGAAATCATCATGCATGACCTGCTTCTGATAAAGATACAAGTGGTGGATATAAATACAGCACTCAGCACCATCACACTCACATATCACTTCCATGGCTAATTCAACCGCCGCCGCCCAGCCACTCGAAGACAGAGTCGCCATCGTCACCGGCGCCTCACGTGGGATCGGCCGCGCCATTGCCTTTCATTTGGCTTCCCTCGGCGCCAGAGTTGTCATCAACTACTCCTCCAACTCG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130988797
ATGGCTAATTCAACCGCCGCCGCCCAGCCACTCGAAGACAGAGTCGCCATCGTCACCGGCGCCTCACGTGGGATCGGCCGCGCCATTGCCTTTCATTTGGCTTCCCTCGGCGCCAGAGTTGTCATCAACTACTCCTCCAACTCGGCTCAAGCCGATTCACTGGCCGCCGAGATCAATTCCGGCTCCGACGTCCGCGCCGCCACCTTCCAAGCCGATATCTCCGTTCCGGAGCAGGTTAAATCGCTGTTCGACGAGGCGGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057768743.1
MANSTAAAQPLEDRVAIVTGASRGIGRAIAFHLASLGARVVINYSSNSAQADSLAAEINSGSDVRAATFQADISVPEQVKSLFDEAESAFNSEVHILVNSAGVLDPKYPSLADTAAADFDKIFAVNARGAFLCCREAANRIKRGGGGRIICLSSSLVASLKPGYAAYTASKAAVEAMVKILAKELKGTGITSNAVAPGAVATDMFFAGKSEEMIEKAVAECPFGRLGETDDVAPVVGFLASDAGQWVNGQIIRVNGGYV

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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