Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr06G001313`

染色体: Chr06 坐标: 13632093-13633489 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr06G001313`
名称	SmilChr06G001313
描述	protein FAR1-RELATED SEQUENCE 5-like
染色体 / SeqID	Chr06 / NC_080392.1
坐标与链方向	13632093 - 13633489 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130990527`
GeneID	`130990527`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130990527`
原始查询	`SmilChr06G001313`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述	protein FAR1-RELATED SEQUENCE 5-like
产物	protein FAR1-RELATED SEQUENCE 5-like
Arabidopsis	`AT4G38180` (FRS5) FAR1-related sequence 5 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829974] identity=25.2; qcov=0.662; evalue=1.4e-31; confidence=low
Rice	`Os06g0166100` - identity=29.4; qcov=0.653; evalue=3.28e-42; confidence=low
GO	GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription)
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130990527

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057770737.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.20000	`XP_057770737.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057770737.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057770737.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057770737.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr6:13632098`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B100,C33,D4
`Chr6:13632158`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	4	A18,B78,C82,C85
`Chr6:13632158`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A18,B78,C82,C85
`Chr6:13632174`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A16,B111,B3,C83
`Chr6:13632332`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A10,C43,C78
`Chr6:13632333`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C5
`Chr6:13632346`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	31	A14,A18,A8,B115,B15,B16,B25,B30,B35,B52,B64,B70,B71,B78,B80,B90,B98,C1,C17,C31,C4,C47,C49,C57,C6,C62,C82,C85,D10,D11,D9
`Chr6:13632357`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B53,B64,C6
`Chr6:13632407`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B9
`Chr6:13632418`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B15
`Chr6:13632456`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B125
`Chr6:13632535`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057914754.1
ATGTACCACAAAGAGCCAGCCATTGTGTTCTCGGACCAAGACATAGCTATCATGAACGCTGTTGACTACATTTTTCGACAAGCGTCACATAGACTTTGTAAATGGCATATCAACAAGAATGTTGTGAAGCATTTTGGGAAACTTAATCAGGATAAATATTTCAAAAATTTGTGGTACAAGTGTATGAACGGCTGCGAGAGTGAGGAACAGTTTGACAGTTGTTGGACTAGAATGATTGAGGAGCACAATTTGTCCGAGAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130990527
ATGTACCACAAAGAGCCAGCCATTGTGTTCTCGGACCAAGACATAGCTATCATGAACGCTGTTGACTACATTTTTCGACAAGCGTCACATAGACTTTGTAAATGGCATATCAACAAGAATGTTGTGAAGCATTTTGGGAAACTTAATCAGGATAAATATTTCAAAAATTTGTGGTACAAGTGTATGAACGGCTGCGAGAGTGAGGAACAGTTTGACAGTTGTTGGACTAGAATGATTGAGGAGCACAATTTGTCCGAGAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057770737.1
MYHKEPAIVFSDQDIAIMNAVDYIFRQASHRLCKWHINKNVVKHFGKLNQDKYFKNLWYKCMNGCESEEQFDSCWTRMIEEHNLSENKWFCTMHNLRKRWSSAFTCDKFSRGLHATSRSEVTNKVLKELCSTTSTLHDFVIGFERMQKSWRTREYEEDALCRGMPGMLVQITSILQQVGEVCTRSVFKLFEYEAVNCISIDLTEEPPDLNDKTLEFKLSSRTSMTGIRVVKINQFTKFGSCSCHLWETDGIICRNLFRVY...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器