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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G001317

染色体: Chr06 坐标: 13688152-13689550 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G001317
名称SmilChr06G001317
描述zinc finger protein 8-like
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向13688152 - 13689550 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130988799
GeneID130988799
locus_tag-
NCBI NameLOC130988799
原始查询SmilChr06G001317

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述zinc finger protein 8-like
产物zinc finger protein 8-like
ArabidopsisAT2G41940 (ZFP8)
zinc finger protein 8 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818794]
identity=37.5; qcov=1.17; evalue=4.53e-36; confidence=medium
RiceOs02g0775600
-
identity=50; qcov=0.615; evalue=1.38e-32; confidence=medium
GOGO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity); GO:0009739 (response to gibberellin); GO:0010026 (trichome differentiation); GO:0010090 (trichome morphogenesis)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130988799

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057768744.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057768744.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057768744.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057768744.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057768744.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:13688752 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C11,C69
Chr6:13688781 GGT G 2bp_deletion frameshift_variant 27 A18,A2,A7,B1,B108,B110,B12,B135,B27,B38,B39,B40,B51,B55,B66,B76,B84,C1,C18,C2,C21,C37,C50,C52,C53,C55,C8
Chr6:13688785 CA C 1bp_deletion frameshift_variant 27 A18,A2,A7,B1,B108,B110,B12,B135,B27,B38,B39,B40,B51,B55,B66,B76,B84,C1,C18,C2,C21,C37,C50,C52,C53,C55,C8
Chr6:13688802 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B1
Chr6:13688861 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B14,B53,B64,C6
Chr6:13688898 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B46,B52
Chr6:13688957 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B34,B59,B7,D2
Chr6:13688961 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B108
Chr6:13688963 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B84
Chr6:13689207 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A3,B45,B89,C10,C72
Chr6:13689209 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A16,B111,B3,C83
Chr6:13689278 TGA T 2bp_deletion frameshift_variant 1 C83

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057912761.1
TTCCCATCTTTCTACATCACCACCAGGATTAAATTTTCAAACAAGAATCGATTTTTGATGGTTGGATTTAGCCTTTTTTTTTCCCCAGAAAAGAAGAACAAATAAGAGCTCAATAATATTTAACCTACAATATTGATGAGTTTTGTTAGTTCTTTGTGTCCTTGCTATACACAAATAATAGGGCTCGTGATCATTAATATGAGACGACATGCAGTTTACAAAAGTACTCTTCTCCAACCATATATATTACGTACACTCAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130988799
ATGGATAAAACTACTGAGAGAGAGACTCGAGACTTCATGAGCGTCGAGTCCTTCTCTCAGCTTCCCTTCATCCGCTCTGCGCCCCGTGACAAGGGTGCAGCAGGCGGCATAAGGCTGTTTGGCCAGGAATTTGGCAGCACGAACGATCACTCCGACTCCAACGACGAAAGCGACAATCAAGACGGGGAGGCCAACAACGGCGGTGGCGGCGGCAGCAGAAAATTCGAGTGCCACTACTGCTGCAGGAACTTCCCTACTTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057768744.1
MDKTTERETRDFMSVESFSQLPFIRSAPRDKGAAGGIRLFGQEFGSTNDHSDSNDESDNQDGEANNGGGGGSRKFECHYCCRNFPTSQALGGHQNAHKRERQQAKRAHLQSAMLHGSLADPHVYGLMNYSRLGSAPPLPVAYHSPSSRLYGGYAAQPQPITCSPLAFWRVPAALAAFAGRTPQTPPPPPPLAYGNKDEMRALPSVPASDQLRFGYESKAKMQEHVSLDLHL

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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