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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G001355

染色体: Chr06 坐标: 14103490-14105903 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G001355
名称SmilChr06G001355
描述uncharacterized SmilChr06G001355
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向14103490 - 14105903 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130988847
GeneID130988847
locus_tag-
NCBI NameLOC130988847
原始查询SmilChr06G001355

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述zinc finger MYM-type-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:28719343]; symbol=AT3G29794; hit=AT3G29794; species=arabidopsis; confidence=high
产物zinc finger MYM-type-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:28719343]; symbol=AT3G29794; hit=AT3G29794; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT3G29794 (AT3G29794)
zinc finger MYM-type-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:28719343]
identity=52.4; qcov=0.646; evalue=6.09e-91; confidence=high
RiceOs02g0301400
-
identity=23.2; qcov=0.479; evalue=7.03e-06; confidence=weak
GOGO:0046983 (protein dimerization activity)
KEGG-
PfamPF05699 (Dimer_Tnp_hAT)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130988847

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057768781.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057768781.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057768781.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057768781.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057768781.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:14103700 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B111
Chr6:14103733 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B111
Chr6:14103740 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B111
Chr6:14103751 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B111
Chr6:14103772 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B134,C60
Chr6:14103788 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B134
Chr6:14103793 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B134
Chr6:14104339 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D4
Chr6:14104472 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A13,B100,B69
Chr6:14104524 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B25
Chr6:14104528 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B124
Chr6:14104586 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C5

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057768781.1
413 aa
N
1
206
413
Dimer_Tnp_hAT
C
PF05699 Dimer_Tnp_hAT 299-387 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057768781.1 Pfam PF05699 Dimer_Tnp_hAT Domain 299 387 3e-18 66.1 hAT family C-terminal dimerisation region

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057912798.1
AACGCTTCGTCTTCTGCTTCAAGCCGTTGCAGATGCCGATTTTATTTCATGGGGAAGGTATTAATCTCTTCAATTTCTCAATTTTTACCGTTGAATCAGAATCAGTCACATATATAGTTGTATAAATAGAATGAGGTAAATTAATTCTTCTCACCAATTTACTCTTTGATTATTGTCCTTCTTGTTCTTGAGCAAAAAAATTCACACTGTAATTTACAGATTGTCTTCGTTTGGGTTCGTAGCGGCGAAGATTGTTGTTG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130988847
ATGAAAGGAAAACACCAAGGAGTTCAAAAAAGGTTGCTTGATATTAATCCAAGAGCGTTATACATGCCATGTGCTTGCCATAGTCTTAATCTAACTTTAAGTGATATGGCACATTCTTGTGTGAAAGCAGTTTCTTTCTTTGGAATAGTACAACGTATATATACATTGTTTTCAAGTTCTACTAAAAGGTGGAAAGTTTTACTCGGTAATATTGAAGGGTTGACTGTAAAATCTTTGTCAAATACACGTTGGGAAAGTCG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057768781.1
MKGKHQGVQKRLLDINPRALYMPCACHSLNLTLSDMAHSCVKAVSFFGIVQRIYTLFSSSTKRWKVLLGNIEGLTVKSLSNTRWESRINSVKAIRFQCVELRDALLNLCDICDDAKSKSEAESLATSIENFEFLLGMVIWYEILSIVNMVSKKLQSKSMCINSVMNQLEGLIAYFEKYRNDGFNSSLDIAKSIASNMNIEPIFPTKRRITRKKQFDEGENVEVSLSPEESFRIEYFVVIVDMAIGSLKSRFEQLKSFEHI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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