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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G001370

染色体: Chr06 坐标: 14366642-14369319 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G001370
名称SmilChr06G001370
描述uncharacterized SmilChr06G001370
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向14366642 - 14369319 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130988865
GeneID130988865
locus_tag-
NCBI NameLOC130988865
原始查询SmilChr06G001370

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述alpha/beta hydrolase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820392]; symbol=AT3G12150; hit=AT3G12150; species=arabidopsis; confidence=high
产物alpha/beta hydrolase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820392]; symbol=AT3G12150; hit=AT3G12150; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT3G12150 (AT3G12150)
alpha/beta hydrolase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820392]
identity=79.9; qcov=1; evalue=0; confidence=high
RiceOs02g0195000
-
identity=73.8; qcov=1.02; evalue=0; confidence=high
GO-
KEGG-
PfamPF09752 (ABHD18)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130988865

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 0.60000 XP_057768814.1
2 Mitochondrion membrane 线粒体膜 0.60000 XP_057768814.1
3 Mitochondrion outer membrane 线粒体外膜 0.60000 XP_057768814.1
4 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057768814.1
5 Lipid droplet 脂滴 0.40000 XP_057768814.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:14366930 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B16
Chr6:14367150 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B140
Chr6:14367216 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B120,D8
Chr6:14367330 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B53,D5
Chr6:14368648 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B44
Chr6:14368944 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B128,B59,C70

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057768814.1
359 aa
N
1
180
359
ABHD18
C
PF09752 ABHD18 29-351 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057768814.1 Pfam PF09752 ABHD18 Family 29 351 1.7e-125 419.5 Alpha/beta hydrolase domain containing 18

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057912831.1
CGGGCGGTCTTAAAGTGTATAAGTTATTGTTATTTCGATCCCAACGTAGTCTTTTTGCCCTTTACAGATTCGGCGCTCTCTCTCTCATCTTGTTGCAGCCTGCAGCAATATTGCCATTGTTGTATTGGAAATTTCAGCTAGCTAGATCTGAATTTCATTTTGTTGTAATTATTGATATACTCTACTCTGTAAAGAACCTTTTCCCGCCCTCGACATCTCTGGTTTTGGTGTATCAATTGCGATTTTGATGTGGGATTAGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130988865
ATGGTGGCTGTAAATATGGGCACCCTTTACTATGTGCTGGATCATGTGTATGGTGCATTGCTGCACAGAACAAAGATTAGCCCTCCATTTTTCTCGAGGGGTTGGGGTGGGGCACAGCTTGAGCTTTTGGAGAGGATGATAAATCAATTGTTTCCCCAAATAGGTCAGAATTGGCCTCCCGCTTTGGTGCAGCCAGTTTGGAAAACTGTTTGGGAATCCAAGACTGCTTGTCTGAGAGAAGGGGTGTTTAAGACCCCTTG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057768814.1
MVAVNMGTLYYVLDHVYGALLHRTKISPPFFSRGWGGAQLELLERMINQLFPQIGQNWPPALVQPVWKTVWESKTACLREGVFKTPCDEVLLNALPPESHTARVAFLSPKSGQPQRMACVVHLAGTGDHSFERRLRLGGPLLKENIATMVLESPFYGRRRPLQQHGAKLLCVSDLLLLGRATIEEARSLLHWLDYEAGFGKMGVCGLSMGGVHAAMVGSLHPTPIATLPFLSPHSAVVPFCEGVLKHATAWEALREDLAM...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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