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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G001379

染色体: Chr06 坐标: 14453131-14453901 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G001379
名称SmilChr06G001379
描述secreted RxLR effector protein 161-like
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向14453131 - 14453901 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130990536
GeneID130990536
locus_tag-
NCBI NameLOC130990536
原始查询SmilChr06G001379

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述secreted RxLR effector protein 161-like
产物secreted RxLR effector protein 161-like
ArabidopsisAT4G23160 (CRK8)
cysteine-rich RECEPTOR-like kinase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828415]
identity=48.1; qcov=0.805; evalue=7.19e-63; confidence=high
RiceOs10g0432200
-
identity=45.9; qcov=0.953; evalue=2.9e-72; confidence=high
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130990536

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057770746.1
2 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057770746.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057770746.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057770746.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057770746.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:14453132 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 1 B140
Chr6:14453132 TG T 1bp_deletion CDS_variant 1 B140
Chr6:14453135 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A22,C59,D5
Chr6:14453156 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A20,B106,C16
Chr6:14453171 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B24,C13,C60,D7
Chr6:14453172 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B107
Chr6:14453173 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B55,B65,C17,C35,C69
Chr6:14453175 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B107
Chr6:14453212 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B92
Chr6:14453224 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A3,B107,C47
Chr6:14453235 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 C11,C23,C60,C67,C69
Chr6:14453237 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B133,B55,C11,C17,C35

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057914763.1
ATGGGATGTCGGTCAGTAGCTACTCCTCTTCCACTTAATTGCCGCTTATATCTCAATGATTCTCCGGCTTACTCTGAGCCTGAGGCCTATCGTCGTCTTGTTGGGCGATTGTTGTATCTGAATTTGACACGACCAGATATTACTTACGTTGTTCAACAGCTCAGTCAATTTGTGGCTACGCCATCGGAGTTTCATTGGAACGCAGCTATCCATGTTCTCAAATATCTGAAAGGGTGCCCCTCGCTTGGCCTTTTTTATCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130990536
ATGGGATGTCGGTCAGTAGCTACTCCTCTTCCACTTAATTGCCGCTTATATCTCAATGATTCTCCGGCTTACTCTGAGCCTGAGGCCTATCGTCGTCTTGTTGGGCGATTGTTGTATCTGAATTTGACACGACCAGATATTACTTACGTTGTTCAACAGCTCAGTCAATTTGTGGCTACGCCATCGGAGTTTCATTGGAACGCAGCTATCCATGTTCTCAAATATCTGAAAGGGTGCCCCTCGCTTGGCCTTTTTTATCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057770746.1
MGCRSVATPLPLNCRLYLNDSPAYSEPEAYRRLVGRLLYLNLTRPDITYVVQQLSQFVATPSEFHWNAAIHVLKYLKGCPSLGLFYPAATPLTLTAFSDADWGTCPDTRRCLTGYCILLGDSLISWRCKKQATVSVSSAEAEYRALSTTVREMLWLSRLCSDFQVTLPLPLPLYCDNQAAIHITKNQVFHERTKHLDIDCHLVRDQYKSGFLVPLHLPTDLQPADLFTKSLGGPRFRRLLSKLGLVDLHHGQLEGG

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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