Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr06G001391`

染色体: Chr06 坐标: 14537228-14542469 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr06G001391`
名称	SmilChr06G001391
描述	zinc finger CCCH domain-containing protein 14-like
染色体 / SeqID	Chr06 / NC_080392.1
坐标与链方向	14537228 - 14542469 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130988881`
GeneID	`130988881`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130988881`
原始查询	`SmilChr06G001391`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	zinc finger CCCH domain-containing protein 14-like
产物	zinc finger CCCH domain-containing protein 14-like
Arabidopsis	`AT5G06770` (AT5G06770) KH domain-containing protein / zinc finger (CCCH type) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830566] identity=51.2; qcov=0.706; evalue=9.34e-59; confidence=high
Rice	`Os02g0194200` (OsC3H14) - identity=61.6; qcov=0.993; evalue=8.08e-110; confidence=high
GO	GO:0003729 (mRNA binding); GO:0046872 (metal ion binding)
KEGG	-
Pfam	PF00013 (KH_1); PF00642 (zf-CCCH); PF14608 (zf-CCCH_2)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130988881

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057768832.1`
2	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057768832.1`
3	Nucleoplasm	核质	0.60000	`XP_057768832.1`
4	Cytoplasmic granule	细胞质颗粒	0.40000	`XP_057768832.1`
5	Cytoplasmic ribonucleoprotein granule	Cytoplasmic ribonucleoprotein granule	0.40000	`XP_057768832.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

该基因暂未检索到已上线的精选 EMS CDS / LoF 突变，或 EMS 突变库仍在构建。

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057768832.1

299 aa

150

299

zf-CCCH_2

zf-CCCH

zf-CCCH_2

KH_1

zf-CCCH

zf-CCCH_2

PF14608 zf-CCCH_2 36-56 aa PF00642 zf-CCCH 99-124 aa PF14608 zf-CCCH_2 112-123 aa PF00013 KH_1 169-233 aa PF00642 zf-CCCH 267-291 aa PF14608 zf-CCCH_2 275-291 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057768832.1`	Pfam	`PF14608`	zf-CCCH_2	Domain	36	56	3.6e-07	31.1	RNA-binding, Nab2-type zinc finger
`XP_057768832.1`	Pfam	`PF00642`	zf-CCCH	Family	99	124	3.4e-17	62.6	Zinc finger C-x8-C-x5-C-x3-H type (and similar)
`XP_057768832.1`	Pfam	`PF14608`	zf-CCCH_2	Domain	112	123	3.6e-07	31.1	RNA-binding, Nab2-type zinc finger
`XP_057768832.1`	Pfam	`PF00013`	KH_1	Domain	169	233	7.8e-14	51.9	KH domain
`XP_057768832.1`	Pfam	`PF00642`	zf-CCCH	Family	267	291	3.4e-17	62.6	Zinc finger C-x8-C-x5-C-x3-H type (and similar)
`XP_057768832.1`	Pfam	`PF14608`	zf-CCCH_2	Domain	275	291	3.6e-07	31.1	RNA-binding, Nab2-type zinc finger

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057912849.1
AATATAAATAAACTCCCACAATATTTTCAACATTAGTATTTCATCCCCACATTTTCTATAATTCGTTGCGCTCACTGTCGTGCTCTGTCTCTCTCTCTATCTCTAGCTGTAAGAGAAACCCTAGTTTCACTGTTTCAGTAAGATTTGAGCTCGACCAATCAATTAGTGTTTTTTTCATCTCTTTTTATACTCTATATCGCGACTCACCTCTCAGAACTTCATATTTTCGTGAATTCAAGGTTCCTTCACCGAATACTGGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130988881
ATGGATACTCGCAAAAGAGGCAGAGCTGAATTTGCTAACGGCGGTTTCAAGAAACCTAAGCCAGAAATGGACTCCTTATCAAGTGGTATAGGAAGCAAATCGAAGCCTTGCACGAAATTTTTCAGCATTGCTGGTTGTCCCTTTGGTGAGAACTGCCACTTCCTCCACCACGTTCCCGGCGGCTATAATGCTGTTGCCCAGATGATGAACCTAGCCCCTGCTCCCACCCCACGACCAGCGGGCGGTCCCCCGCCTGCCCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057768832.1
MDTRKRGRAEFANGGFKKPKPEMDSLSSGIGSKSKPCTKFFSIAGCPFGENCHFLHHVPGGYNAVAQMMNLAPAPTPRPAGGPPPAHQNGHGSAPAAVKTKVCNKYKTAEGCKFGNKCNFAHGEWELGKPIMPSHDNPRATGPMPPGRFSARPEPPVPGPAASFGATATAKISVDASLAGAVIGKGGVNSKQICRQTGTKLSIRDHETNPNLRNIELEGTFEQIQQASAMVRELIVSIGSGGGSGGPGRAFGGGGGGAAS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器