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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G001396

染色体: Chr06 坐标: 14601867-14606047 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G001396
名称SmilChr06G001396
描述protein EMSY-LIKE 1-like
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向14601867 - 14606047 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130988886
GeneID130988886
locus_tag-
NCBI NameLOC130988886
原始查询SmilChr06G001396

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein EMSY-LIKE 1-like
产物protein EMSY-LIKE 1-like
ArabidopsisAT5G13020 (EML3)
Emsy N Terminus (ENT)/ plant Tudor-like domains-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831142]
identity=45.2; qcov=0.961; evalue=4.67e-97; confidence=high
RiceOs08g0328300
-
identity=47.5; qcov=1.04; evalue=1.15e-109; confidence=high
GOGO:0050832 (defense response to fungus)
KEGG-
PfamPF03735 (ENT)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130988886

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057768836.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057768836.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057768836.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057768836.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057768836.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:14604659 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A8,B98,C80
Chr6:14605794 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B106,B17

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057768836.1
423 aa
N
1
212
423
ENT
C
PF03735 ENT 48-121 aa
XP_057768837.1
414 aa
N
1
207
414
ENT
C
PF03735 ENT 39-112 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057768836.1 Pfam PF03735 ENT Domain 48 121 1.5e-29 102.5 ENT domain
XP_057768837.1 Pfam PF03735 ENT Domain 39 112 1.4e-29 102.6 ENT domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057912853.1
CACCACCCCCCACCAATCCCCTTCAATTTCCGTTCTCATTCCCTCTCGTGAGAGAGGTTTACGATCGACAAAATCTGCCGCATTTTCTCTCTCTAAAAATCTTCTTCCCTGAGCTCGTAGAATCTCTCTCTGGAGACGTTCATCATTCTCCCAAGGCATCAGAGGCGCGGAAAATCTCTCGAGCCATTCTGGGAAATCGTTCCAGTTGGATTGACTTGGCATTTCTATGGAATATGGACTCATAGACAGCAGCGGCACTG...
XM_057912854.1
CCCACCAATCCCCTTCAATTTCCGTTCTCATTCCCTCTCGTGAGAGAGGTTTACGATCGACAAAATCTGCCGCATTTTCTCTCTCTAAAAATCTTCTTCCCTGAGCTCGTAGAATCTCTCTCTGGAGACGTTCATCATTCTCCCAAGGCATCAGAGGCGCGGAAAATCTCTCGAGCCATTCTGGGAAATCGTTCCAGTTGGATTGACTTGGCATTTCTATGGAATATGGACTCATAGACAGCAGCGTGTATAATAGAGGC...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC130988886
ATGGAATATGGACTCATAGACAGCAGCGTGTATAATAGAGGCACAGTAGGAGGTCGTGTGGCAGGGAACGGAAGATCATTTCTACCATCAGCCCCATTTCAAAGGATTCAAATTGATATGGAATACGAAATACATAATCTGGAACAGATTGCATATGGTGCTGTTCTACGAGCTTTCAAAGCACAATCTGATGCACTTACATGGGAGAAAGAGGGCCTTATAACAGAATTGAGGAAGGAACTGAGGGTATCAGACGATGA...
LOC130988886
ATGGAATATGGACTCATAGACAGCAGCGGCACTGATGATGATAATCCTCAAATAGTGTATAATAGAGGCACAGTAGGAGGTCGTGTGGCAGGGAACGGAAGATCATTTCTACCATCAGCCCCATTTCAAAGGATTCAAATTGATATGGAATACGAAATACATAATCTGGAACAGATTGCATATGGTGCTGTTCTACGAGCTTTCAAAGCACAATCTGATGCACTTACATGGGAGAAAGAGGGCCTTATAACAGAATTGAG...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057768836.1
MEYGLIDSSGTDDDNPQIVYNRGTVGGRVAGNGRSFLPSAPFQRIQIDMEYEIHNLEQIAYGAVLRAFKAQSDALTWEKEGLITELRKELRVSDDEHRELLSQVNGDDLIHRIREWREAGGNRNVAPNVPQHINNQLPSPTVSASRKRQKTSLSGNPFNAHSQALLSQPVAGSTLPLNSVVKRGPSSGIGGRRPNVGQPAFTSGKPMQYQFGDHVSSGAPMDDPSESIHESLIGRRVMIRWPADSNFYEAVISEYNPVDG...
XP_057768837.1
MEYGLIDSSVYNRGTVGGRVAGNGRSFLPSAPFQRIQIDMEYEIHNLEQIAYGAVLRAFKAQSDALTWEKEGLITELRKELRVSDDEHRELLSQVNGDDLIHRIREWREAGGNRNVAPNVPQHINNQLPSPTVSASRKRQKTSLSGNPFNAHSQALLSQPVAGSTLPLNSVVKRGPSSGIGGRRPNVGQPAFTSGKPMQYQFGDHVSSGAPMDDPSESIHESLIGRRVMIRWPADSNFYEAVISEYNPVDGRHSLVYDSN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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