Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G001401

染色体: Chr06 坐标: 14662716-14664472 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G001401
名称SmilChr06G001401
描述uncharacterized SmilChr06G001401
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向14662716 - 14664472 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130988894
GeneID130988894
locus_tag-
NCBI NameLOC130988894
原始查询SmilChr06G001401

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述rho GTPase-activating gacO-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824962]; symbol=AT3G57930; hit=AT3G57930; species=arabidopsis; confidence=medium
产物rho GTPase-activating gacO-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824962]; symbol=AT3G57930; hit=AT3G57930; species=arabidopsis; confidence=medium
ArabidopsisAT3G57930 (AT3G57930)
rho GTPase-activating gacO-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824962]
identity=55.6; qcov=1.03; evalue=2.18e-30; confidence=medium
RiceOs02g0717200
-
identity=44.2; qcov=0.986; evalue=3.83e-23; confidence=medium
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130988894

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057768845.1
2 Nucleolus 核仁 0.20000 XP_057768845.1
3 Nucleoplasm 核质 0.20000 XP_057768845.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057768845.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057768845.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:14664133 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A23,B122,B140

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057912862.1
GCCTTTCAATTTTCTCATTTATTTAAATTGCCACAATTTTCTTATACTATTTTATCTCTTTCATTTCTTCTGTATTTATTTCTTTTTTACTGGTTTCTTGTATTGAATAGTTATTTTACCTTCAATTGCACTTTACCCTAACTTCCCAAACAGCCCATCAAATTAAATAAATATCCTTTCACCACTTCCCACTTAACTACACATTTTTTTCTTCACTTCCTCTCTCTCTCTCTCTTGCTGTTTTTGCTTCCCTTAGCTCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130988894
ATGGGAAGAGGGAGAGGGAAAGGGAAGAAACAATCTGCGATTGCTGCTCGCGATGATACTGGCAGCGGTGAGGATGAGAAGCTACCTGTGAGGAGAAGAGGGAGGCCACAAAAACCAATGAAAGATGAGTTTGAGGAGGAAGACGAAGTTGAGAAGATTGAGGAAGAAGATGAGGATGGTGAGGAGACGAAGAATTTGGTGTTGAGTAAAAGCAGCAAGAACCAAGCTGTTGCAGAGAATGGCAGGAAGAGGAAGAGGCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057768845.1
MGRGRGKGKKQSAIAARDDTGSGEDEKLPVRRRGRPQKPMKDEFEEEDEVEKIEEEDEDGEETKNLVLSKSSKNQAVAENGRKRKRPSQIKESDELVKEENAMAAKSNATVLIKPVGYRQHGSRRKNKPRRAAEVGVECK

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器