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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G001415

染色体: Chr06 坐标: 14855815-14859917 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G001415
名称SmilChr06G001415
描述uncharacterized SmilChr06G001415
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向14855815 - 14859917 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130988905
GeneID130988905
locus_tag-
NCBI NameLOC130988905
原始查询SmilChr06G001415

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130988905

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057768868.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057768868.1
3 Mitochondrion 线粒体 0.60000 XP_057768870.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057768868.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057768868.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:14856073 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B122,B140
Chr6:14856112 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B122,B140
Chr6:14856122 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 4 B52,C10,C49,C73
Chr6:14856122 TC T 1bp_deletion CDS_variant 4 B52,C10,C49,C73
Chr6:14856156 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B15,B61,B94,C45
Chr6:14856191 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C32
Chr6:14856228 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A16,B109,B111,B71,C83
Chr6:14856231 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A18
Chr6:14856253 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 1 A18
Chr6:14856253 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A18
Chr6:14856261 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B107,B140
Chr6:14856262 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 18 A8,B103,B24,B25,B33,B49,B55,B79,B9,C13,C31,C4,C57,C58,C6,C78,D5,D9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057912885.1
GAAATTTGTATCTATATGCATTTTACACAATTATGCGTTAATTAGAGCAAAATCCACCCATTTCATTGTTTTTGAAATTTCACTGAAATTTTCTCCCTTACTTCGTCAAGCCGTTTCCCAATCGAATCCGGGCCGGAGATGATGGACGCACCGGGAGAGGGTGCTTCTACACTGTTGAGACCGAGCACTATTAATGTATTATCGGACGTGGGCACTTATTATAAACTAAAGTATCTAAGAAAGGTGAAGAAAATACTAAA...
XM_057912886.1
GAAATTTGTATCTATATGCATTTTACACAATTATGCGTTAATTAGAGCAAAATCCACCCATTTCATTGTTTTTGAAATTTCACTGAAATTTTCTCCCTTACTTCGTCAAGCCGTTTCCCAATCGAATCCGGGCCGGAGATGATGGACGCACCGGGAGAGGGTGCTTCTACACTGTTGAGACCGAGCACTATTAATGTATTATCGGACGTGGGCACTTATTATAAACTAAAGTATCTAAGAAAGGTGAAGAAAATACTAAA...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC130988905
ATGGATAGTAACCATAAGCTAAGCAAGAATTATTTGAAGAAGATAATGCAGCTTGATTACTGCCTGCCTCAGGATGTTATGGATTTGTTCATATTGAGCTGCCAATCCAAGTTGATACACCGTGTCAAAATTCTTGCATTTGTTACATCCGAAAACACGGTGATATCCTCTTTTGATTTATATCGAGTTTGTGAGCAATATTGGGGTGCCTGCTTCGGTAGTACAAGGTTAAACCATGCTATATCCGGGGCATACGAGTC...
LOC130988905
ATGGATAGTAACCATAAGCTAAGCAAGAATTATTTGAAGAAGATAATGCAGCTTGATTACTGCCTGCCTCAGGATGTTATGGATTTGTTCATATTGAGCTGCCAATCCAAGTTGATACACCGTGTCAAAATTCTTGCATTTGTTACATCCGAAAACACGGTGATATCCTCTTTTGATTTATATCGAGTTTGTGAGCAATATTGGGGTGCCTGCTTCGGTAGTACAAGGTTAAACCATGCTATATCCGGGGCATACGAGTC...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057768868.1
MDSNHKLSKNYLKKIMQLDYCLPQDVMDLFILSCQSKLIHRVKILAFVTSENTVISSFDLYRVCEQYWGACFGSTRLNHAISGAYESFHDWKVPQSVLDMIKGENGSSTSQNWMSATQIVVPCWITGHYMVVRICPGRWEAELHDPLFYGLDEETKALRGAQIQPLLSLFGRVLVAADHWTSNVFGWERKTHPLVLYIPGPDDQFS
XP_057768869.1
MDSNHKLSKNYLKKIMQLDYCLPQDVMDLFILSCQSKLIHRVKILAFVTSENTVISSFDLYRVCEQYWGACFGSTRLNHAISGAYESFHDWKVPQSVLDMIKGENGSSTSQNWMSATQIVVPCWITGHYMVVRICPGRWEAELHDPLFYGLDEETKALRGAQIQPLLSLFGRVLVAADHWTSNVFGWERKTHPLVLYIPGPDDQFS

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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