当前解析结果
SmilChr06G001420| 统一新 Gene ID | SmilChr06G001420 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr06G001420 |
| 描述 | protein FAR1-RELATED SEQUENCE 5-like |
| 染色体 / SeqID | Chr06 / NC_080392.1 |
| 坐标与链方向 | 14900492 - 14901496 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130990546 |
|---|---|
| GeneID | 130990546 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130990546 |
| 原始查询 | SmilChr06G001420 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | protein FAR1-RELATED SEQUENCE 5-like |
| 产物 | protein FAR1-RELATED SEQUENCE 5-like |
| Arabidopsis | AT4G38180 (FRS5)FAR1-related sequence 5 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829974] identity=29; qcov=0.641; evalue=6.54e-26; confidence=low |
| Rice | Os11g0681300- identity=29.8; qcov=0.614; evalue=2.78e-25; confidence=low |
| GO | GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription); GO:0008270 (zinc ion binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF04434 (SWIM) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130990546 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057770755.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.20000 | XP_057770755.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057770755.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057770755.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057770755.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr6:14900618 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B63,B83,C17,C68 |
Chr6:14900642 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B107,B19 |
Chr6:14900644 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C68 |
Chr6:14900738 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B28 |
Chr6:14900770 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B124,B40 |
Chr6:14900785 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D6 |
Chr6:14900825 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B118,C52 |
Chr6:14900852 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 12 | A24,A8,B108,B44,B8,B99,C3,C39,C5,C66,D2,D3 |
Chr6:14900927 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B106,B13,B98 |
Chr6:14900943 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B122 |
Chr6:14900992 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B100,B106,B53,B98 |
Chr6:14900995 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D6 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057770755.1PF04434
SWIM 160-179 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057770755.1 |
Pfam | PF04434 |
SWIM | Domain | 160 | 179 | 0.00046 | 20.4 | SWIM zinc finger |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。