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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G001422

染色体: Chr06 坐标: 15019278-15021803 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G001422
名称SmilChr06G001422
描述putative pentatricopeptide repeat-containing protein At3g13770, mitochondrial
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向15019278 - 15021803 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130990110
GeneID130990110
locus_tag-
NCBI NameLOC130990110
原始查询SmilChr06G001422

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述putative pentatricopeptide repeat-containing protein At3g13770, mitochondrial
产物putative pentatricopeptide repeat-containing protein At3g13770%2C mitochondrial
ArabidopsisAT3G13770 (AT3G13770)
Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820586]
identity=61.9; qcov=0.907; evalue=0; confidence=high
RiceOs10g0444500
-
identity=40.9; qcov=0.916; evalue=8.17e-170; confidence=medium
GOGO:0003723 (RNA binding); GO:0005515 (protein binding); GO:0008270 (zinc ion binding); GO:0009451 (RNA modification)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF13041 (PPR_2); PF14432 (DYW_deaminase); PF20431 (E_motif)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130990110

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057770298.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057770298.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057770298.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057770298.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057770298.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:15019454 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C42
Chr6:15019615 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A15,B9,C38
Chr6:15019715 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C39
Chr6:15020563 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B113
Chr6:15021093 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B112,C42,C79
Chr6:15021129 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B112,C79
Chr6:15021185 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr6:15021252 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B2,B93
Chr6:15021310 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B44
Chr6:15021384 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A24,B2,B30,B93
Chr6:15021431 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C42
Chr6:15021630 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B113,C27,D4

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057770298.1
633 aa
N
1
316
633
PPR
PPR_2
PPR
PPR
PPR
PPR
PPR_2
PPR
PPR
E_motif
DYW_deaminase
C
PF01535 PPR 99-123 aa PF13041 PPR_2 122-169 aa PF01535 PPR 125-154 aa PF01535 PPR 198-219 aa PF01535 PPR 226-255 aa PF01535 PPR 299-325 aa PF13041 PPR_2 325-373 aa PF01535 PPR 327-355 aa PF01535 PPR 400-424 aa PF20431 E_motif 443-504 aa PF14432 DYW_deaminase 541-633 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057770298.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 99 123 2.8e-46 153.3 PPR repeat
XP_057770298.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 122 169 1.7e-43 147.2 PPR repeat family
XP_057770298.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 125 154 2.8e-46 153.3 PPR repeat
XP_057770298.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 198 219 2.8e-46 153.3 PPR repeat
XP_057770298.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 226 255 2.8e-46 153.3 PPR repeat
XP_057770298.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 299 325 2.8e-46 153.3 PPR repeat
XP_057770298.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 325 373 1.7e-43 147.2 PPR repeat family
XP_057770298.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 327 355 2.8e-46 153.3 PPR repeat
XP_057770298.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 400 424 2.8e-46 153.3 PPR repeat
XP_057770298.1 Pfam PF20431 E_motif Repeat 443 504 6.8e-20 71.8 E motif
XP_057770298.1 Pfam PF14432 DYW_deaminase Domain 541 633 4.7e-37 126.4 DYW family of nucleic acid deaminases

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057914315.1
AATCACACTTATAAATAGGAGATAAAACATCTGGCGCCATTTCTTGCTAGCTCAACAAAGTATGCTGAGAAGAAGCACTCAGTTTTTCCATCACTGCAATCTCCAAACATTCATATCTATCGCAATAAACAGAAATTTCTCAATCCACCAATCAACAAAGCTCGATTCTTTCCCCCCTAATTTTCCTAACTCAAACATCGCAGCACCCACTTTCAAACTAATTCATGCATCATCGCAAGAATATGATTTTATGCTAAACG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130990110
ATGCTGAGAAGAAGCACTCAGTTTTTCCATCACTGCAATCTCCAAACATTCATATCTATCGCAATAAACAGAAATTTCTCAATCCACCAATCAACAAAGCTCGATTCTTTCCCCCCTAATTTTCCTAACTCAAACATCGCAGCACCCACTTTCAAACTAATTCATGCATCATCGCAAGAATATGATTTTATGCTAAACGAGTGCGTGAACCGGAAGCATGTGAGAGGAGGCCAAACGGTGCAAGCCCACATGATTAAAAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057770298.1
MLRRSTQFFHHCNLQTFISIAINRNFSIHQSTKLDSFPPNFPNSNIAAPTFKLIHASSQEYDFMLNECVNRKHVRGGQTVQAHMIKTRYLRHVYLGGRLIVLYLKCGCLDDARMMFDEMPHRNVVSWTAMISGYTKSGFYYEALRHFVEMLRSGTNPNEFTFATVLTSCTSASQLECGRQIHSLIVKSSFISHVYVGSSLLDLYAKSGRIHEARLVFEGLPARDVVSCTAIVSGYAQLGFDKEALDLFCGLQREGMAFNH...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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