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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G001437

染色体: Chr06 坐标: 15174390-15175735 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G001437
名称SmilChr06G001437
描述protein MNN4-like
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向15174390 - 15175735 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130990126
GeneID130990126
locus_tag-
NCBI NameLOC130990126
原始查询SmilChr06G001437

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein MNN4-like
产物protein MNN4-like
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130990126

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057770311.1
2 Chromosome 染色体 1.00000 XP_057770311.1
3 Cytoskeleton 细胞骨架 0.20000 XP_057770311.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057770311.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057770311.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:15175251 TAA T 2bp_deletion frameshift_variant 6 A8,B33,B55,C13,C58,D5
Chr6:15175289 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B90,B92,C14,D10
Chr6:15175388 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 18 A19,A9,B109,B13,B15,B27,B47,B57,B61,B85,B86,B94,C12,C13,C45,C59,C60,D1
Chr6:15175404 GAA * 2bp_deletion CDS_variant 1 B25
Chr6:15175454 G GGT 2bp_insertion frameshift_variant 57 A10,A14,A16,A19,A20,A5,A6,B107,B110,B112,B113,B114,B118,B132,B133,B139,B16,B19,B29,B32,B37,B38,B48,B50,B60,B61,B62,B63,B65,B67,B68,B75,B77,B8,B88,B97,B98,C12,C16,C20,C23,C24,C27,C28,C3,C39,C46,C47,C48,C56,C63,C7,C77,C79,C82,D4,D8

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057914328.1
TTCGAGGACGAGAAGACTCTTAGATGAGAATGAAGATGAGGATGGGGATAAGGGTGCAGAGGAGATGGAAGAGGACATTGGTGAAGACAAAGATGATGAAGGAGATGGGGATGATGCACTTAATGATGATGATTATTGATTAGTTACTCGATATTTGATCGTACTTTTAGACTTGCGTAGTTTAAAATTTAAGTATTTGTGTGTCTTGAATTTTTATGTGTTTTTAAATTAAGTATTTATGTGTTTAAGTATTTGTGGTG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130990126
ATGGAAGAACTTGAGAGAAAGAAACAGGAGGAATTGACAAACATAGAAGAAGTGAGAAAGAAAAATCAGGAGCTTGAGATAAAAAAGAAAGAAGAAGCATATCAAAGGAAGAAAGAGGAAGAAGAAGAATCTCAGAGAAAGAAAGAGCAGCTAGAAAATGATAGAAGAAAGAAGGAGATTAGGACAAAATTAAAAGATGACAAGATGAAGAAATATCAGGAGAGTCAAAAGAGAAAGAAAGAGAATGAAATGAAGAATGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057770311.1
MEELERKKQEELTNIEEVRKKNQELEIKKKEEAYQRKKEEEEESQRKKEQLENDRRKKEIRTKLKDDKMKKYQESQKRKKENEMKNAESNKQEKEKVYVKRTKKHKKDPEIPSFDLLTPS

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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