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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr06G001442`

染色体: Chr06 坐标: 15254927-15259564 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr06G001442`
名称	SmilChr06G001442
描述	uncharacterized SmilChr06G001442
染色体 / SeqID	Chr06 / NC_080392.1
坐标与链方向	15254927 - 15259564 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130990551`
GeneID	`130990551`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130990551`
原始查询	`SmilChr06G001442`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os12g0539700; species=rice; confidence=low
产物	hit=Os12g0539700; species=rice; confidence=low
Arabidopsis	`AT3G51690` (AT3G51690) PIF1 helicase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824332] identity=40.6; qcov=0.204; evalue=2.91e-62; confidence=weak
Rice	`Os12g0539700` - identity=36.1; qcov=0.316; evalue=2.43e-88; confidence=low
GO	GO:0000723 (telomere maintenance); GO:0003678 (DNA helicase activity); GO:0006281 (DNA repair)
KEGG	-
Pfam	PF05970 (PIF1); PF14214 (Helitron_like_N); PF21530 (Pif1_2B_dom)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130990551

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057770759.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057770759.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057770759.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057770759.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057770759.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr6:15254932`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A20,B44,B64
`Chr6:15254959`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B101,B108
`Chr6:15254986`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B111,B30
`Chr6:15254989`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A6,B101,B126,B33,B7
`Chr6:15254992`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A5,B50,B8,C56,C75
`Chr6:15255038`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B98,C18,C22,C44
`Chr6:15255070`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A3,C26,C40,C68
`Chr6:15255109`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	15	B3,B47,B60,B77,B81,B88,B90,C13,C22,C24,C35,C46,C53,C60,C73
`Chr6:15255113`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B5,C2,C3
`Chr6:15255145`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B41,C15,C8
`Chr6:15255150`	`AGT`	`A`	2bp_deletion	frameshift_variant	12	B10,B13,B133,B20,B21,B28,B76,C14,C3,C41,C86,D7
`Chr6:15255174`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C55

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057770759.1

1386 aa

693

1386

Helitron_like_N

PIF1

Pif1_2B_dom

PF14214 Helitron_like_N 269-451 aa PF05970 PIF1 902-1120 aa PF21530 Pif1_2B_dom 1222-1268 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057770759.1`	Pfam	`PF14214`	Helitron_like_N	Domain	269	451	4.6e-56	190.8	Helitron helicase-like domain at N-terminus
`XP_057770759.1`	Pfam	`PF05970`	PIF1	Family	902	1120	8.5e-89	297.7	PIF1-like helicase
`XP_057770759.1`	Pfam	`PF21530`	Pif1_2B_dom	Domain	1222	1268	2.1e-19	69.7	DNA helicase Pif1, 2B domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057914776.1
ATGTGGCTTGGAGAAAATGTTGAGCAATCCAAATCTGAGCCCCCAAAGTTCTCACTATGTTGTTGGAAGGGGAGAGTCGTCATTCCATTGTTGCAAAAACCTCCTAAGTTATTAAGTGATCTTTTAGAGAATAGACATCACAAGAGCACAAAATTTATCGAAGATATTCGTGCTTACAATATGATGTTCTCATTTACTTCGATGGGTGGAAAGTTAGATTATTCCATTAATAAAGGTGCAGGTCCATATACATATCGTCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130990551
ATGTGGCTTGGAGAAAATGTTGAGCAATCCAAATCTGAGCCCCCAAAGTTCTCACTATGTTGTTGGAAGGGGAGAGTCGTCATTCCATTGTTGCAAAAACCTCCTAAGTTATTAAGTGATCTTTTAGAGAATAGACATCACAAGAGCACAAAATTTATCGAAGATATTCGTGCTTACAATATGATGTTCTCATTTACTTCGATGGGTGGAAAGTTAGATTATTCCATTAATAAAGGTGCAGGTCCATATACATATCGTCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057770759.1
MWLGENVEQSKSEPPKFSLCCWKGRVVIPLLQKPPKLLSDLLENRHHKSTKFIEDIRAYNMMFSFTSMGGKLDYSINKGAGPYTYRLGGQNIHRIGSLLPIEGCSPKFSQLYIFDPNSEVEHRKNAVSTNKSKDLDDSIVIALKQMIDGNSPYAKVYRMTADHISHDSSVDVKLRLVGKRSKDGRAYNMPTAPEVAALIVGDFESMPDKRDIIIQKCCGKLQRISEFHPSYLPLQYPLIFNYGEDGYYLDIPHAETDTSK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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