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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G001459

染色体: Chr06 坐标: 15434665-15437647 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G001459
名称SmilChr06G001459
描述1,4-dihydroxy-2-naphthoyl-CoA thioesterase 1
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向15434665 - 15437647 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130990147
GeneID130990147
locus_tag-
NCBI NameLOC130990147
原始查询SmilChr06G001459

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述1,4-dihydroxy-2-naphthoyl-CoA thioesterase 1
产物1%2C4-dihydroxy-2-naphthoyl-CoA thioesterase 1
ArabidopsisAT1G48320 (DHNAT1)
Thioesterase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841252]
identity=64.2; qcov=0.904; evalue=2.72e-68; confidence=high
RiceOs03g0691400
-
identity=61; qcov=0.922; evalue=4.72e-65; confidence=high
GOGO:0005777 (peroxisome); GO:0042372 (phylloquinone biosynthetic process); GO:0061522 (1,4-dihydroxy-2-naphthoyl-CoA thioesterase activity)
KEGGsmil00130 (Ubiquinone and other terpenoid-quinone biosynthesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01110 (Biosynthesis of secondary metabolites - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01240 (Biosynthesis of cofactors - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF03061 (4HBT)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130990147

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Peroxisome 过氧化物酶体 1.00000 XP_057770332.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057770332.1
3 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057770332.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057770332.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057770332.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:15434875 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A7,C30,C43
Chr6:15434957 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr6:15435537 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C45

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057770332.1
167 aa
N
1
84
167
4HBT
C
PF03061 4HBT 56-128 aa
XP_057770333.1
167 aa
N
1
84
167
4HBT
C
PF03061 4HBT 56-128 aa
XP_057770334.1
167 aa
N
1
84
167
4HBT
C
PF03061 4HBT 56-128 aa
XP_057770336.1
167 aa
N
1
84
167
4HBT
C
PF03061 4HBT 56-128 aa
XP_057770337.1
167 aa
N
1
84
167
4HBT
C
PF03061 4HBT 56-128 aa
XP_057770338.1
167 aa
N
1
84
167
4HBT
C
PF03061 4HBT 56-128 aa
XP_057770339.1
167 aa
N
1
84
167
4HBT
C
PF03061 4HBT 56-128 aa
XP_057770340.1
167 aa
N
1
84
167
4HBT
C
PF03061 4HBT 56-128 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057770332.1 Pfam PF03061 4HBT Domain 56 128 6.5e-16 59.1 Thioesterase superfamily
XP_057770333.1 Pfam PF03061 4HBT Domain 56 128 6.5e-16 59.1 Thioesterase superfamily
XP_057770334.1 Pfam PF03061 4HBT Domain 56 128 6.5e-16 59.1 Thioesterase superfamily
XP_057770336.1 Pfam PF03061 4HBT Domain 56 128 6.5e-16 59.1 Thioesterase superfamily
XP_057770337.1 Pfam PF03061 4HBT Domain 56 128 6.5e-16 59.1 Thioesterase superfamily
XP_057770338.1 Pfam PF03061 4HBT Domain 56 128 6.5e-16 59.1 Thioesterase superfamily
XP_057770339.1 Pfam PF03061 4HBT Domain 56 128 6.5e-16 59.1 Thioesterase superfamily
XP_057770340.1 Pfam PF03061 4HBT Domain 56 128 6.5e-16 59.1 Thioesterase superfamily

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

8 records

下载 cDNA FASTA
XM_057914349.1
TTTTATTTTAGAGGAGGCTCAACGCCAGTACGCCACTCTATTTAATGACTTAAATAACAAATTGTTGCCCTTATTATATTCACTGATCACTGCTCAAACTCTATAAGATCTCCACGTTTTTCAGCTGCAGATTGTGGGCCAAAGTGGATTATGATCTTTTCGGTTATCCTATTTCTATGGTCGTTTGAAGAATCACCCTTTGCCAATTCGTTACTGGTAAAGTTAGTAACCAGTTAGTGCACACCTCAAAGGACCTGGAG...
XM_057914350.1
TTTTATTTTAGAGGAGGCTCAACGCCAGTACGCCACTCTATTTAATGACTTAAATAACAAATTGTTGCCCTTATTATATTCACTGATCACTGCTCAAACTCTATAAGATCTCCACGTTTTTCAGCTGCAGATTGTGGGCCAAAGTGGATTATGATCTTTTCGGTTATCCTATTTCTATGGTCGTTTGAAGTTCTCCACCCCGTCTCCTGATCTAATCCTCAGAATCACCCTTTGCCAATTCGTTACTGGTAAAGTTAGTA...

CDS

8 records

下载 CDS FASTA
LOC130990147
ATGAACCAACCACCGAATGCTGGAAAGAATTTGCTGCCTCCATCACCATCAGAGACTGAGAGTTTGGATGCTCCACTTCACACAATTGGCTTTGAATTTGATGAACTCTCAGCTAAGAAAGTTTCAGGCCGCCTCCTGATTACTGCAAAGTGCTGTCAGCCATTCAAGGTTTTGCATGGAGGGATCTCAGCTTTGATAGCCGAGGCTTTGGCTAGCATAGGAGCTCATATTGCTTCAGGTTTTACAAGGGTAGCCGGTAT...
LOC130990147
ATGAACCAACCACCGAATGCTGGAAAGAATTTGCTGCCTCCATCACCATCAGAGACTGAGAGTTTGGATGCTCCACTTCACACAATTGGCTTTGAATTTGATGAACTCTCAGCTAAGAAAGTTTCAGGCCGCCTCCTGATTACTGCAAAGTGCTGTCAGCCATTCAAGGTTTTGCATGGAGGGATCTCAGCTTTGATAGCCGAGGCTTTGGCTAGCATAGGAGCTCATATTGCTTCAGGTTTTACAAGGGTAGCCGGTAT...

Protein

8 records

下载 Protein FASTA
XP_057770332.1
MNQPPNAGKNLLPPSPSETESLDAPLHTIGFEFDELSAKKVSGRLLITAKCCQPFKVLHGGISALIAEALASIGAHIASGFTRVAGIHLSINHLKSAQEGDLVVAEATPVNVGKSIQVWDVRLSKRDPSNSEIETLIASSRVTLLCNMSVPESARDAAIKLKKYAKL
XP_057770333.1
MNQPPNAGKNLLPPSPSETESLDAPLHTIGFEFDELSAKKVSGRLLITAKCCQPFKVLHGGISALIAEALASIGAHIASGFTRVAGIHLSINHLKSAQEGDLVVAEATPVNVGKSIQVWDVRLSKRDPSNSEIETLIASSRVTLLCNMSVPESARDAAIKLKKYAKL

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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