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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G001467

染色体: Chr06 坐标: 15526034-15529953 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G001467
名称SmilChr06G001467
描述leucine-rich repeat receptor-like tyrosine-protein kinase PXC3
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向15526034 - 15529953 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130990151
GeneID130990151
locus_tag-
NCBI NameLOC130990151
原始查询SmilChr06G001467

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述leucine-rich repeat receptor-like tyrosine-protein kinase PXC3
产物leucine-rich repeat receptor-like tyrosine-protein kinase PXC3
ArabidopsisAT2G41820 (AT2G41820)
Leucine-rich repeat protein kinase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818781]
identity=69.6; qcov=1; evalue=0; confidence=high
RiceOs07g0207100
-
identity=58.6; qcov=0.966; evalue=0; confidence=high
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005515 (protein binding); GO:0005524 (ATP binding); GO:0005886 (plasma membrane); GO:0006468 (protein phosphorylation); GO:0009755 (hormone-mediated signaling pathway)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF00560 (LRR_1); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr); PF08263 (LRRNT_2); PF13855 (LRR_8)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130990151

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057770347.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057770347.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057770347.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057770347.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057770347.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:15526491 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C2,C32,C68
Chr6:15526579 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr6:15526819 C CG 1bp_insertion frameshift_variant 103 A1,A10,A11,A13,A15,A20,A25,A3,A4,A5,A7,B101,B104,B11,B112,B113,B121,B123,B128,B129,B132,B133,B14,B140,B16,B17,B21,B22,B23,B27,B29,B33,B34,B35,B38,B39,B41,B42,B47,B49,B5,B51,B53,B55,B56,B59,B60,B64,B66,B67,B69,B70,B72,B73,B75,B76,B78,B79,B82,B83,B85,B88,B92,B94,B95,B96,B97,B99,C10,C11,C18,C19,C2,C22,C26,C28,C3,C30,C33,C35,C36,C37,C43,C47,C48,C49,C5,C52,C54,C55,C56,C61,C62,C64,C69,C72,C73,C80,C82,C85,C86,D3,D5
Chr6:15526856 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C11,C36
Chr6:15527093 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B140
Chr6:15527095 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A7,B31,C30,C43,C7
Chr6:15527216 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B15,B84
Chr6:15527417 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B15,B84
Chr6:15527887 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D3
Chr6:15527959 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 90 A13,A18,A19,A22,A24,A4,B1,B101,B106,B110,B111,B114,B119,B122,B124,B125,B126,B127,B13,B130,B133,B135,B136,B139,B14,B15,B16,B17,B2,B30,B32,B34,B36,B38,B39,B42,B43,B47,B48,B49,B52,B53,B54,B6,B60,B62,B63,B64,B65,B68,B7,B70,B75,B77,B79,B80,B84,B87,B88,B92,B93,B99,C1,C10,C13,C2,C23,C26,C32,C37,C39,C44,C45,C48,C49,C5,C54,C58,C59,C6,C61,C63,C68,C7,C71,C74,C79,C81,D3,D7
Chr6:15527987 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B64,B90,B92
Chr6:15528021 CT C 1bp_deletion frameshift_variant 98 A13,A18,A19,A2,A22,A24,A3,A4,B1,B101,B106,B107,B110,B111,B112,B114,B119,B122,B124,B125,B126,B127,B13,B130,B133,B135,B136,B139,B14,B15,B16,B17,B2,B30,B32,B34,B35,B36,B37,B38,B39,B42,B43,B47,B48,B49,B52,B53,B54,B6,B60,B62,B63,B64,B65,B68,B7,B70,B75,B77,B79,B80,B82,B84,B88,B92,B96,B99,C1,C10,C13,C2,C23,C26,C27,C32,C37,C39,C44,C45,C48,C49,C5,C54,C58,C59,C6,C61,C63,C68,C69,C7,C71,C74,C79,C81,D3,D7

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057770347.1
886 aa
N
1
443
886
LRRNT_2
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF08263 LRRNT_2 27-60 aa PF13855 LRR_8 82-122 aa PF00560 LRR_1 88-110 aa PF00560 LRR_1 113-134 aa PF13855 LRR_8 131-171 aa PF00560 LRR_1 136-158 aa PF00560 LRR_1 160-182 aa PF00560 LRR_1 209-228 aa PF00560 LRR_1 232-254 aa PF00560 LRR_1 304-324 aa PF00560 LRR_1 352-373 aa PF00560 LRR_1 376-398 aa PF00560 LRR_1 401-421 aa PF00560 LRR_1 429-447 aa PF00560 LRR_1 449-471 aa PF00560 LRR_1 473-492 aa PF00069 Pkinase 613-815 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 613-880 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057770347.1 Pfam PF08263 LRRNT_2 Family 27 60 5.3e-05 24.1 Leucine rich repeat N-terminal domain
XP_057770347.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 82 122 5.4e-32 110.1 Leucine rich repeat
XP_057770347.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 88 110 2.6e-45 143.3 Leucine Rich Repeat
XP_057770347.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 113 134 2.6e-45 143.3 Leucine Rich Repeat
XP_057770347.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 131 171 5.4e-32 110.1 Leucine rich repeat
XP_057770347.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 136 158 2.6e-45 143.3 Leucine Rich Repeat
XP_057770347.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 160 182 2.6e-45 143.3 Leucine Rich Repeat
XP_057770347.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 209 228 2.6e-45 143.3 Leucine Rich Repeat
XP_057770347.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 232 254 2.6e-45 143.3 Leucine Rich Repeat
XP_057770347.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 304 324 2.6e-45 143.3 Leucine Rich Repeat
XP_057770347.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 352 373 2.6e-45 143.3 Leucine Rich Repeat
XP_057770347.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 376 398 2.6e-45 143.3 Leucine Rich Repeat
XP_057770347.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 401 421 2.6e-45 143.3 Leucine Rich Repeat
XP_057770347.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 429 447 2.6e-45 143.3 Leucine Rich Repeat
XP_057770347.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 449 471 2.6e-45 143.3 Leucine Rich Repeat
XP_057770347.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 473 492 2.6e-45 143.3 Leucine Rich Repeat
XP_057770347.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 613 815 3.2e-22 79.9 Protein kinase domain
XP_057770347.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 613 880 3.1e-27 96.2 Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057914364.1
AGACTTTTCAATAAACCATAGGTTGTTGAAATTCTTATAGGAGTATAAATTTCCATTTTGTTTGGCCTATAACATCGGACTCATATTCATAGGTTGCTTATTTCTCGTGATGCTTTAGCTGTTGGTATTGCTATATACGTACATTACACAGCTTTCACCTTTTAACACTCTCACAAAAACTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTGAAGTAGAGTATCACAAAACACCTGACCCGTGAAAAACCAATTTCCCAAACACTGCAAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130990151
ATGCCATTATTCAGTTTGTTGAGCATTTTGCTTTTTGGGTTGCTTTCAAGGTCTCAACTTTTGAACGCCCAGATCATGAATGATCAAGCTGCATTATTAGCAATTGAGAAAGAATTTGGAATTTCTGTGTGGAATGGGAATATCTCTGATTATTGCTCATGGCCTGGCATTTCTTGCAGCTCGAATAATTTAATAGTGGAAAGGCTCGATCTTTCTAGTCATGGGCTGCAAGGTAATCTCACTCTCATCTCTCACCTCAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057770347.1
MPLFSLLSILLFGLLSRSQLLNAQIMNDQAALLAIEKEFGISVWNGNISDYCSWPGISCSSNNLIVERLDLSSHGLQGNLTLISHLKSLKWLDLSYNKFHGMIPPALVNLSELEFLDLSFNAFEGSIPLEFGRLRNLKALNLSNNLINGVIPDELESLVKLQDLRLYSNRLNGSIPLWLGNLTSLRVFTAYENELSGVIPHKLGLVSELKLLNLHSNYLEGSIPESIFAMQKLETLVLTQNRFSGCIPEAIGKCRGLSSV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

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