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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G001482

染色体: Chr06 坐标: 15795913-15800034 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G001482
名称SmilChr06G001482
描述uncharacterized SmilChr06G001482
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向15795913 - 15800034 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130990167
GeneID130990167
locus_tag-
NCBI NameLOC130990167
原始查询SmilChr06G001482

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os05g0499500; species=rice; confidence=weak
产物hit=Os05g0499500; species=rice; confidence=weak
ArabidopsisAT2G32340 (AT2G32340)
TraB family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817795]
identity=72.2; qcov=0.252; evalue=6.42e-10; confidence=weak
RiceOs05g0499500
-
identity=64.3; qcov=0.294; evalue=4.52e-12; confidence=weak
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130990167

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057770366.1
2 Mitochondrion intermembrane space Mitochondrion intermembrane space 0.20000 XP_057770366.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057770366.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057770366.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057770366.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:15796718 G GCC 2bp_insertion frameshift_variant 15 A13,B102,B105,B11,B129,B134,B20,B61,B68,B70,B91,C37,C74,C78,D2
Chr6:15796724 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A5,C55
Chr6:15796749 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A10,B75,C9
Chr6:15797817 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B33,C39
Chr6:15798948 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A25,A7,B58
Chr6:15798958 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A8,B121,B77

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057914383.1
TTTAGCGTTATCTATTAGTTACATACATAACGGTTTATCAAACCGTTAAGCCAACCGTTATCTATTAACACTTTTTTACAACAGTTTTTTTACCGTTAAGAAATGCGCCTCTCAATACTGTTATGTATTAACATTATTTTTTTTTCTTTTTTTTAATAAAGTTTTTTTTAATTGTTATACTTTAGGTAAAATTCAAAACCTAACTCCAAATCTGATTTTCAAGCTTGCTCCAATACTCCTAACACACCCGCCGCCTCCCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130990167
ATGGAATTGCTCTGTCATTTTCTGGAATCTTGCCAAGAAGTTCAGGCTGTGATAGAATTCTTGAAACCCCAGGTTGTCATTTTGGAGCTGTGCTCTAGTCGTGTTGCGATTCTTACGCCGCAAAACTTGAAGCGAAAAGCACTAGATGACAAGTTAAAGGAAAAGGAGGAACGAGAAGCATTTCAGGTTAATATTGGTGACTTCGGCTTGGCAGTTATGAAGTGTGTGATGCTTGATTTGAAACTCCAAGGGATTAGAGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057770366.1
MELLCHFLESCQEVQAVIEFLKPQVVILELCSSRVAILTPQNLKRKALDDKLKEKEEREAFQVNIGDFGLAVMKCVMLDLKLQGIRAGGNSDFSDEMGKELSQMSVAAGLRFLNRAALKSLEEFGIEGSMKSPWKRCCYSCPW

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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