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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G001495

染色体: Chr06 坐标: 16006517-16007653 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G001495
名称SmilChr06G001495
描述glucan endo-1,3-beta-glucosidase, basic isoform-like
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向16006517 - 16007653 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130990570
GeneID130990570
locus_tag-
NCBI NameLOC130990570
原始查询SmilChr06G001495

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述glucan endo-1,3-beta-glucosidase, basic isoform-like
产物glucan endo-1%2C3-beta-glucosidase%2C basic isoform-like
ArabidopsisAT3G57260 (BGL2)
beta-1,3-glucanase 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824893]
identity=47.1; qcov=0.948; evalue=5.38e-107; confidence=high
RiceOs01g0940700 (OsPR2)
-
identity=45.8; qcov=0.894; evalue=1.02e-95; confidence=high
GOGO:0004553 (hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds); GO:0005886 (plasma membrane); GO:0005975 (carbohydrate metabolic process)
KEGG-
PfamPF00332 (Glyco_hydro_17)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130990570

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Secreted 分泌到胞外 1.00000 XP_057770774.1
2 Cell wall 细胞壁 0.80000 XP_057770774.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057770774.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057770774.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057770774.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:16006769 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B84
Chr6:16006877 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C38
Chr6:16006897 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B22
Chr6:16006902 A AC 1bp_insertion frameshift_variant 111 A1,A10,A11,A13,A21,A22,A23,A24,A25,A5,A7,A8,A9,B102,B105,B106,B107,B109,B111,B112,B115,B117,B119,B120,B121,B122,B123,B124,B125,B127,B128,B129,B13,B131,B133,B134,B136,B138,B16,B18,B20,B21,B22,B23,B24,B26,B28,B31,B36,B4,B42,B43,B49,B5,B54,B59,B6,B62,B74,B76,B81,B85,B86,B87,B88,B9,B93,B98,B99,C11,C14,C17,C2,C26,C28,C32,C33,C35,C36,C42,C45,C5,C50,C51,C53,C54,C57,C60,C62,C64,C66,C67,C68,C69,C70,C76,C77,C78,C8,C81,C82,C84,C86,C87,D1,D10,D11,D2,D4,D6,D8
Chr6:16006905 AG A 1bp_deletion frameshift_variant 111 A1,A10,A11,A13,A21,A22,A23,A24,A25,A5,A7,A8,A9,B102,B105,B106,B107,B109,B111,B112,B115,B117,B119,B120,B121,B122,B123,B124,B125,B127,B128,B129,B13,B131,B133,B134,B136,B138,B16,B18,B20,B21,B22,B23,B24,B26,B28,B31,B36,B4,B42,B43,B49,B5,B54,B59,B6,B62,B74,B76,B81,B85,B86,B87,B88,B9,B93,B98,B99,C11,C14,C17,C2,C26,C28,C32,C33,C35,C36,C42,C45,C5,C50,C51,C53,C54,C57,C60,C62,C64,C66,C67,C68,C69,C70,C76,C77,C78,C8,C81,C82,C84,C86,C87,D1,D10,D11,D2,D4,D6,D8
Chr6:16006912 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B108,B22,B36,B81,C79
Chr6:16007067 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B14,C34,C75,D3
Chr6:16007079 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B14,C34,C75,D3
Chr6:16007214 C CT 1bp_insertion frameshift_variant 1 A19
Chr6:16007214 C CT 1bp_insertion CDS_variant 1 A19
Chr6:16007285 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B34,C37,C85
Chr6:16007289 T TGG 2bp_insertion frameshift_variant 11 B113,B122,B132,B133,B140,B8,C3,C39,C48,C7,C77

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057770774.1
349 aa
N
1
174
349
Glyco_hydro_17
C
PF00332 Glyco_hydro_17 37-347 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057770774.1 Pfam PF00332 Glyco_hydro_17 Domain 37 347 8.3e-100 335.1 Glycosyl hydrolases family 17

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057914791.1
ATGGAGAGATCATCATGTCTAGAAAACCAATGCTTTGGAGCAATTCGTAGCAGACTTATGCTAATTGCAATGGCCATTCTTTGCATGCACAATGCAGATGCTCAAACGGGAGCGTGCTACGGCACTCTTGGCAACAATCTACCACCACCTAGAGAAATGATCGCTCTATGCAAGCACCACAACATTCAAAGCATTCGGCTCTACAACCCTAATCCAGCACTTGTCGAACCACTTCAAGGCAGCAATGTCTCGGTCATCGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130990570
ATGGAGAGATCATCATGTCTAGAAAACCAATGCTTTGGAGCAATTCGTAGCAGACTTATGCTAATTGCAATGGCCATTCTTTGCATGCACAATGCAGATGCTCAAACGGGAGCGTGCTACGGCACTCTTGGCAACAATCTACCACCACCTAGAGAAATGATCGCTCTATGCAAGCACCACAACATTCAAAGCATTCGGCTCTACAACCCTAATCCAGCACTTGTCGAACCACTTCAAGGCAGCAATGTCTCGGTCATCGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057770774.1
MERSSCLENQCFGAIRSRLMLIAMAILCMHNADAQTGACYGTLGNNLPPPREMIALCKHHNIQSIRLYNPNPALVEPLQGSNVSVIVGVPNEEIQGIARDESLAISWVRDNILKYRNINFRYIAVGNEISPSANPDISPHVPIAMQHISDALAAAGLRRVKVSTALSMEILGLSNPPSLGSFQSQFLDLFINPIIKFLVKTNSPFLVNVYPYFAYVSDTTNIRLDYALFTSKSSVVKDGAYQYYNLFDAMVDAVHVALEK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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