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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G001501

染色体: Chr06 坐标: 16066318-16079653 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G001501
名称SmilChr06G001501
描述DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease, chloroplastic
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向16066318 - 16079653 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130990181
GeneID130990181
locus_tag-
NCBI NameLOC130990181
原始查询SmilChr06G001501

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease, chloroplastic
产物DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease%2C chloroplastic
ArabidopsisAT2G41460 (ARP)
apurinic endonuclease-redox protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818744]
identity=58.9; qcov=0.931; evalue=0; confidence=high
RiceOs01g0801000
-
identity=54.9; qcov=0.956; evalue=0; confidence=high
GOGO:0003677 (DNA binding); GO:0003906 (DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity); GO:0004519 (endonuclease activity); GO:0005634 (nucleus); GO:0006284 (base-excision repair); GO:0008081 (phosphoric diester hydrolase activity); GO:0008311 (double-stranded DNA 3'-5' DNA exonuclease activity)
KEGGsmil03410 (Base excision repair - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF03372 (Exo_endo_phos)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130990181

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057770385.1
2 Nucleolus 核仁 0.80000 XP_057770388.1
3 Mitochondrion 线粒体 0.20000 XP_057770385.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057770385.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057770385.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:16075714 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C87
Chr6:16076022 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A14,B104,B120,D10
Chr6:16076668 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B25,C14,C49
Chr6:16077403 A AT 1bp_insertion frameshift_variant 3 A24,C13,C86
Chr6:16077403 A AT 1bp_insertion CDS_variant 3 A24,C13,C86
Chr6:16077876 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr6:16078001 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A14,A18,B104,B120
Chr6:16078232 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B44
Chr6:16078270 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A14,A18,B104,B120
Chr6:16078328 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A15,B9,C38
Chr6:16079112 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A14,A18,B104,B120
Chr6:16079317 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A14,B104,B120

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057770385.1
533 aa
N
1
266
533
Exo_endo_phos
C
PF03372 Exo_endo_phos 276-524 aa
XP_057770386.1
533 aa
N
1
266
533
Exo_endo_phos
C
PF03372 Exo_endo_phos 276-524 aa
XP_057770387.1
532 aa
N
1
266
532
Exo_endo_phos
C
PF03372 Exo_endo_phos 275-523 aa
XP_057770388.1
496 aa
N
1
248
496
Exo_endo_phos
C
PF03372 Exo_endo_phos 239-487 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057770385.1 Pfam PF03372 Exo_endo_phos Domain 276 524 3.3e-31 109.4 Endonuclease/Exonuclease/phosphatase family
XP_057770386.1 Pfam PF03372 Exo_endo_phos Domain 276 524 3.3e-31 109.4 Endonuclease/Exonuclease/phosphatase family
XP_057770387.1 Pfam PF03372 Exo_endo_phos Domain 275 523 3.3e-31 109.4 Endonuclease/Exonuclease/phosphatase family
XP_057770388.1 Pfam PF03372 Exo_endo_phos Domain 239 487 2.8e-31 109.6 Endonuclease/Exonuclease/phosphatase family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XM_057914403.1
ATCTAAAAGGCCCAATTCCATCCTCTGCTCGCGCCACGAAGTTTTGGCGGTTAAATCTCGACCTCCCTTTCCTAGTTGATCGACGCCCGCTCTCTAACCTGCGCGCTCGCCGTTTGTGGAACTTCAATGATTCAAGCCCTTAAACTAGGGTTATACTGTTCAATTACCGGGCGTTTTTCTGCAGCGCATAGTTGTAGGATACCTAAATTCAGCAGCCCTTTTTGCTTGACCTTAAGAATGGCACCGAAGCGAAACCGTTC...
XM_057914404.1
CTAAAAGGCCCAATTCCATCCTCTGCTCGCGCCACGAAGTTTTGGCGGTTAAATCTCGACCTCCCTTTCCTAGTTGATCGACGCCCGCTCTCTAACCTGCGCGCTCGCCGTTTGTGGAACTTCAATGATTCAAGCCCTTAAACTAGGGTTATACTGTTCAATTACCGGGCGTTTTTCTGCAGCGCATAGTTGTAGGATACCTAAATTCAGCAGCCCTTTTTGCTTGACCTTAAGAATGGCACCGAAGCGAAACCGTTCAG...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC130990181
ATGATTCAAGCCCTTAAACTAGGGTTATACTGTTCAATTACCGGGCGTTTTTCTGCAGCGCATAGTTGTAGGATACCTAAATTCAGCAGCCCTTTTTGCTTGACCTTAAGAATGGCACCGAAGCGAAACCGTTCAGGTGCACCAGCATCGGTGGCAGAGGACTCGGGCGAGAAAACTAACATTGATGAGCCGACGCTTCGTAAAAATGCTTCAAAGGCAAGTAATGGAAATAGTGGGGTTGTTGAGGATGAGCCTGTTGT...
LOC130990181
ATGATTCAAGCCCTTAAACTAGGGTTATACTGTTCAATTACCGGGCGTTTTTCTGCAGCGCATAGTTGTAGGATACCTAAATTCAGCAGCCCTTTTTGCTTGACCTTAAGAATGGCACCGAAGCGAAACCGTTCAGGTGCACCAGCATCGGTGGCAGAGGACTCGGGCGAGAAAACTAACATTGATGAGCCGACGCTTCGTAAAAATGCTTCAAAGGCAAGTAATGGAAATAGTGGGGTTGTTGAGGATGAGCCTGTTGT...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057770385.1
MIQALKLGLYCSITGRFSAAHSCRIPKFSSPFCLTLRMAPKRNRSGAPASVAEDSGEKTNIDEPTLRKNASKASNGNSGVVEDEPVVFDKMTLQQIKSTLRSNGVDGEGSKHECILRSSMRSKTDAGEYSSALEYQTSLEEKPAVAKRNSKRKAKGLSEDEPVEVPTKASDISGGRRSKRQVKQSSKDSVDITLSQSATEQELIVKSTEVGGKKSTRVEKKLSSRITKAGVTENLSVDEPWTVLTHKKPQKGWTGYDPKT...
XP_057770386.1
MIQALKLGLYCSITGRFSAAHSCRIPKFSSPFCLTLRMAPKRNRSGAPASVAEDSGEKTNIDEPTLRKNASKASNGNSGVVEDEPVVFDKMTLQQIKSTLRSNGVDGEGSKHECILRSSMRSKTDAGEYSSALEYQTSLEEKPAVAKRNSKRKAKGLSEDEPVEVPTKASDISGGRRSKRQVKQSSKDSVDITLSQSATEQELIVKSTEVGGKKSTRVEKKLSSRITKAGVTENLSVDEPWTVLTHKKPQKGWTGYDPKT...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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