当前解析结果
SmilChr06G001506| 统一新 Gene ID | SmilChr06G001506 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr06G001506 |
| 描述 | protein EARLY RESPONSIVE TO DEHYDRATION 15 |
| 染色体 / SeqID | Chr06 / NC_080392.1 |
| 坐标与链方向 | 16090638 - 16092881 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130990188 |
|---|---|
| GeneID | 130990188 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130990188 |
| 原始查询 | SmilChr06G001506 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | protein EARLY RESPONSIVE TO DEHYDRATION 15 |
| 产物 | protein EARLY RESPONSIVE TO DEHYDRATION 15 |
| Arabidopsis | AT2G41430 (ERD15)dehydration-induced protein (ERD15) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818741] identity=48.6; qcov=1.08; evalue=1.33e-34; confidence=medium |
| Rice | Os03g0353400- identity=68.1; qcov=0.29; evalue=1.13e-18; confidence=weak |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF28129 (ERD15) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130990188 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057770397.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057770397.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057770397.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057770397.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057770397.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr6:16090955 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C62 |
Chr6:16091626 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr6:16091648 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr6:16091783 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A18,B50,B80 |
Chr6:16091784 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B100 |
Chr6:16091791 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C43 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057770397.1PF28129
ERD15 24-59 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057770397.1 |
Pfam | PF28129 |
ERD15 | Domain | 24 | 59 | 1.5e-19 | 69.8 | Early responsive to dehydration 15 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。