当前解析结果
SmilChr06G001524| 统一新 Gene ID | SmilChr06G001524 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr06G001524 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr06G001524 |
| 染色体 / SeqID | Chr06 / NC_080392.1 |
| 坐标与链方向 | 16431271 - 16432656 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130990573 |
|---|---|
| GeneID | 130990573 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130990573 |
| 原始查询 | SmilChr06G001524 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os08g0106900; species=rice; confidence=medium |
| 产物 | hit=Os08g0106900; species=rice; confidence=medium |
| Arabidopsis | AT5G41980 (AT5G41980)nuclease [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834203] identity=32.9; qcov=0.935; evalue=1.25e-60; confidence=low |
| Rice | Os08g0106900- identity=37.7; qcov=0.988; evalue=2.63e-82; confidence=medium |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF01609 (DDE_Tnp_1); PF04827 (Plant_tran); PF13359 (DDE_Tnp_4); PF26138 (DUF8040) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130990573 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057770777.1 |
| 2 | Chromosome | 染色体 | 0.40000 | XP_057770777.1 |
| 3 | Telomere | 端粒 | 0.20000 | XP_057770777.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057770777.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057770777.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr6:16431414 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B50 |
Chr6:16432080 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B26,C35 |
Chr6:16432101 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B26,C35 |
Chr6:16432107 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B26,C35 |
Chr6:16432199 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C21 |
Chr6:16432219 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B127,B71,C64 |
Chr6:16432289 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B126,C21 |
Chr6:16432312 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B44 |
Chr6:16432313 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B77 |
Chr6:16432340 |
CG |
C |
1bp_deletion | frameshift_variant | 17 | A1,A16,B25,B26,B30,B39,B6,B90,B96,C23,C29,C41,C60,C61,C8,C82,C86 |
Chr6:16432344 |
G |
GA |
1bp_insertion | frameshift_variant | 17 | A1,A16,B25,B26,B30,B39,B6,B90,B96,C23,C29,C41,C60,C61,C8,C82,C86 |
Chr6:16432388 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B101,B56,B96 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057770777.1PF26138
DUF8040 71-149 aa
PF01609
DDE_Tnp_1 176-341 aa
PF13359
DDE_Tnp_4 181-342 aa
PF04827
Plant_tran 284-344 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057770777.1 |
Pfam | PF26138 |
DUF8040 | Domain | 71 | 149 | 1.9e-21 | 76.5 | Domain of unknown function (DUF8040) |
XP_057770777.1 |
Pfam | PF01609 |
DDE_Tnp_1 | Domain | 176 | 341 | 1.4e-09 | 38.7 | Transposase DDE domain |
XP_057770777.1 |
Pfam | PF13359 |
DDE_Tnp_4 | Domain | 181 | 342 | 7.7e-24 | 84.8 | DDE superfamily endonuclease |
XP_057770777.1 |
Pfam | PF04827 |
Plant_tran | Family | 284 | 344 | 3.8e-06 | 27.4 | Plant transposon protein |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。