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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr06G001534`

染色体: Chr06 坐标: 16561197-16564814 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr06G001534`
名称	SmilChr06G001534
描述	pentatricopeptide repeat-containing protein At1g80270, mitochondrial-like
染色体 / SeqID	Chr06 / NC_080392.1
坐标与链方向	16561197 - 16564814 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130990213`
GeneID	`130990213`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130990213`
原始查询	`SmilChr06G001534`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	pentatricopeptide repeat-containing protein At1g80270, mitochondrial-like
产物	pentatricopeptide repeat-containing protein At1g80270%2C mitochondrial-like
Arabidopsis	`AT1G80270` (PPR596) PENTATRICOPEPTIDE REPEAT 596 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:844367] identity=51; qcov=0.754; evalue=8.53e-166; confidence=high
Rice	`Os01g0280400` - identity=42.5; qcov=0.995; evalue=3.67e-161; confidence=medium
GO	GO:0005515 (protein binding); GO:0005739 (mitochondrion)
KEGG	-
Pfam	PF01535 (PPR); PF13812 (PPR_3)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130990213

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Mitochondrion	线粒体	1.00000	`XP_057770423.1`
2	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057770423.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057770423.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057770423.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057770423.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr6:16561522`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B26,C40
`Chr6:16561814`	`GAT`	`G`	2bp_deletion	frameshift_variant	1	C71
`Chr6:16561814`	`GAT`	`G`	2bp_deletion	CDS_variant	1	C71
`Chr6:16561817`	`T`	`TAA`	2bp_insertion	frameshift_variant	1	C71
`Chr6:16561817`	`T`	`TAA`	2bp_insertion	CDS_variant	1	C71
`Chr6:16561839`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C42
`Chr6:16561841`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C14
`Chr6:16561891`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A10,A3,C40
`Chr6:16561899`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B78,C14
`Chr6:16562091`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B47
`Chr6:16562111`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B77
`Chr6:16562158`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B61

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057770423.1

619 aa

310

619

PPR

PPR_3

PPR

PF01535 PPR 253-280 aa PF13812 PPR_3 308-355 aa PF01535 PPR 321-351 aa PF01535 PPR 460-488 aa PF01535 PPR 494-519 aa PF01535 PPR 530-559 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057770423.1`	Pfam	`PF01535`	PPR	Repeat	253	280	1.9e-25	88.0	PPR repeat
`XP_057770423.1`	Pfam	`PF13812`	PPR_3	Repeat	308	355	4.1e-13	49.9	Pentatricopeptide repeat domain
`XP_057770423.1`	Pfam	`PF01535`	PPR	Repeat	321	351	1.9e-25	88.0	PPR repeat
`XP_057770423.1`	Pfam	`PF01535`	PPR	Repeat	460	488	1.9e-25	88.0	PPR repeat
`XP_057770423.1`	Pfam	`PF01535`	PPR	Repeat	494	519	1.9e-25	88.0	PPR repeat
`XP_057770423.1`	Pfam	`PF01535`	PPR	Repeat	530	559	1.9e-25	88.0	PPR repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057914440.1
CTAAGTTCATGGTTTGACCCTCGTAATTTTCTTAAACATTTCTTCCCAAGTGGGGTTCTAGGGTTTAAAGAATTCTCACATCCATTTCTCTCTCGTTTTACTCTTTGTCATGATTGCTAATTTCTTGCAGTGAACTTTAGGAATTTCGACAAACAGTATGTGGGCGATTCGAAGAGCGTCCATTCATCTCAAGAGCCGAGGCTTAAATTCAGGGACCTCACGAGTTAGATATGTAAATTCAGAGATAGCAAATTGTTTAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130990213
ATGTGGGCGATTCGAAGAGCGTCCATTCATCTCAAGAGCCGAGGCTTAAATTCAGGGACCTCACGAGTTAGATATGTAAATTCAGAGATAGCAAATTGTTTAATTGAGAATTGCAATGCTGAAACTGTTGAATCTCAAGGAAAAGTATTGGATTCAACAATGTGCTCACGAAGGTTCTGCAACACATCTGTTCCTTCAAAATCACACTTGAAAGCTCACACCTTTTGTTCCCAGGCTGGTGCTGAGCACCACGATATATT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057770423.1
MWAIRRASIHLKSRGLNSGTSRVRYVNSEIANCLIENCNAETVESQGKVLDSTMCSRRFCNTSVPSKSHLKAHTFCSQAGAEHHDIFHVLQARQDAAEDAASGDEMDDESIFESELTLGESFADYTRNELEISGADEADAGKEKTRKIKAPSGMTKAILADTRLPVSRALEKWVEAGNEVTLAEVSANILHFRKRRMFSQALQLSEWLDSRKLTELTESNYASRVDLIAKVRGIVEAEKYIQEIIPESLRTEVVYRTLLA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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