Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr06G001550`

染色体: Chr06 坐标: 16828378-16832531 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr06G001550`
名称	SmilChr06G001550
描述	probable mediator of RNA polymerase II transcription subunit 26b
染色体 / SeqID	Chr06 / NC_080392.1
坐标与链方向	16828378 - 16832531 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130990226`
GeneID	`130990226`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130990226`
原始查询	`SmilChr06G001550`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	probable mediator of RNA polymerase II transcription subunit 26b
产物	probable mediator of RNA polymerase II transcription subunit 26b
Arabidopsis	`AT5G05140` (AT5G05140) Transcription elongation factor (TFIIS) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830396] identity=41.3; qcov=1.05; evalue=1.95e-95; confidence=medium
Rice	`Os07g0642600` - identity=34.1; qcov=1; evalue=4.72e-48; confidence=low
GO	GO:0005634 (nucleus)
KEGG	-
Pfam	PF08711 (Med26)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130990226

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057770438.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057770438.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057770438.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057770438.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057770438.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr6:16829319`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B104,D10
`Chr6:16831052`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B46
`Chr6:16831138`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C61
`Chr6:16831532`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C14
`Chr6:16831731`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C47
`Chr6:16831841`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B104,B4,D10
`Chr6:16831902`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C82
`Chr6:16831925`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr6:16832096`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B78,C14

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057770438.1

455 aa

228

455

Med26

PF08711 Med26 160-209 aa

XP_057770439.1

454 aa

227

454

Med26

PF08711 Med26 160-209 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057770438.1`	Pfam	`PF08711`	Med26	Domain	160	209	5.4e-16	58.9	TFIIS helical bundle-like domain
`XP_057770439.1`	Pfam	`PF08711`	Med26	Domain	160	209	5.4e-16	58.9	TFIIS helical bundle-like domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057914455.1
CTTTTTTTCTAATTTTACGATGATTATCCCCTTTTATTCGCTATTCAGTCTTTTAATTCCTACGAGAAATCGGAAAGAGTTTTAATTGAACTGTACAAACAAAAGGGGAAGCATAATCTTATATTAATTGAGCAGCATCTTGTATTCTTTGTTGAGAGAGAGAGACAGTTAAATACATCATCACCCTTTTGACATTTTTTTTCTCCGAATTTCCTCAACCGGCAAAGAAACTTTTCTCTGGATTTCTCCATTGGTTTCCC...

XM_057914456.1
TTTTTTCTAATTTTACGATGATTATCCCCTTTTATTCGCTATTCAGTCTTTTAATTCCTACGAGAAATCGGAAAGAGTTTTAATTGAACTGTACAAACAAAAGGGGAAGCATAATCTTATATTAATTGAGCAGCATCTTGTATTCTTTGTTGAGAGAGAGAGACAGTTAAATACATCATCACCCTTTTGACATTTTTTTTCTCCGAATTTCCTCAACCGGCAAAGAAACTTTTCTCTGGATTTCTCCATTGGTTTCCCAT...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC130990226
ATGACTAAGAATCCAGTGTCTCTTGATAAATGGAGGGATTATTTCACCACTGCAAATTCCGATATTTTCAGCATAATCGAGCATGCAATCATGGTTGCTGCTTCGGATTTCCCTTATGATTTCAAGCTGAAGAGGGATCGGATAGCTGAGAGGCTGTTCACGTGTAGAATGACAAAGTGCTTAGGTTGCAACAGAGCTGAAGTGTGTGTTGGATATGATGATTGTCTGAAGGAAACTGGTGGTGATGGTAAAGATTCGAA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057770438.1
MTKNPVSLDKWRDYFTTANSDIFSIIEHAIMVAASDFPYDFKLKRDRIAERLFTCRMTKCLGCNRAEVCVGYDDCLKETGGDGKDSKGNKVSREEEEDGDDHREVMEMNAENRARDQDYDDAEALTDEIEEESQLLEEVARIKEVLDEREGKSDEVLFESLRRLQLMPLSVEILKATEIGKSVNALRKHGSKEIRDLVRRLVEDWKLMVDAWVNATTAIAGADCTTESAKTSGVEEEEEEEGLPSPPLDEGAFLATPTSM...

XP_057770439.1
MTKNPVSLDKWRDYFTTANSDIFSIIEHAIMVAASDFPYDFKLKRDRIAERLFTCRMTKCLGCNRAEVCVGYDDCLKETGGDGKDSKGNKVSREEEEDGDDHREVMEMNAENRARDQDYDDAEALTDEIEEESQLLEEVARIKEVLDEREGKSDEVLFESLRRLQLMPLSVEILKATEIGKSVNALRKHGSKEIRDLVRRLVEDWKLMVDAWVNATTAIAGADCTTESAKTSGVEEEEEEEGLPSPPLDEGAFLATPTSM...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器