当前解析结果
SmilChr06G001620| 统一新 Gene ID | SmilChr06G001620 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr06G001620 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr06G001620 |
| 染色体 / SeqID | Chr06 / NC_080392.1 |
| 坐标与链方向 | 18036985 - 18038604 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130990595 |
|---|---|
| GeneID | 130990595 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130990595 |
| 原始查询 | SmilChr06G001620 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | confidence=no_hit |
| 产物 | confidence=no_hit |
| Arabidopsis | -- |
| Rice | -- |
| GO | GO:0032196 (transposition) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF03004 (Transposase_24) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130990595 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057770801.1 |
| 2 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057770801.1 |
| 3 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057770801.1 |
| 4 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057770801.1 |
| 5 | Telomere | 端粒 | 0.00000 | XP_057770801.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr6:18037462 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A4,B31 |
Chr6:18037992 |
GAC |
G |
2bp_deletion | frameshift_variant | 3 | C15,C19,C78 |
Chr6:18037992 |
GAC |
G |
2bp_deletion | CDS_variant | 3 | C15,C19,C78 |
Chr6:18037995 |
T |
TGA |
2bp_insertion | frameshift_variant | 3 | C15,C19,C78 |
Chr6:18037995 |
T |
TGA |
2bp_insertion | CDS_variant | 3 | C15,C19,C78 |
Chr6:18038015 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C78 |
Chr6:18038070 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B10,C19,C78 |
Chr6:18038090 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B10,C19,C78 |
Chr6:18038546 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A9,B23,B83,C38,C75 |
Chr6:18038548 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B113 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057770801.1PF03004
Transposase_24 107-246 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057770801.1 |
Pfam | PF03004 |
Transposase_24 | Family | 107 | 246 | 1.5e-25 | 90.7 | Plant transposase (Ptta/En/Spm family) |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。