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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G001638

染色体: Chr06 坐标: 18469982-18471883 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G001638
名称SmilChr06G001638
描述uncharacterized SmilChr06G001638
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向18469982 - 18471883 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130990602
GeneID130990602
locus_tag-
NCBI NameLOC130990602
原始查询SmilChr06G001638

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130990602

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057770810.1
2 Nucleus 细胞核 0.60000 XP_057770810.1
3 Cytoplasmic granule 细胞质颗粒 0.40000 XP_057770810.1
4 Cytoplasmic ribonucleoprotein granule Cytoplasmic ribonucleoprotein granule 0.40000 XP_057770810.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057770810.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:18470007 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B24,B34
Chr6:18470016 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B21,C63
Chr6:18470047 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B32,C74
Chr6:18470070 AAT A 2bp_deletion frameshift_variant 2 A1,B74
Chr6:18470070 AAT A 2bp_deletion CDS_variant 2 A1,B74
Chr6:18470076 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B75,C66
Chr6:18470093 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A4,A9,B19,C31,C35
Chr6:18470108 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B47,B70,C54,D1
Chr6:18470127 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B24,B4,B46,C41
Chr6:18470203 C CAT 2bp_insertion frameshift_variant 31 A16,B118,B119,B120,B122,B126,B128,B133,B136,B138,B38,B41,B43,B48,B69,B79,B84,B90,B99,C15,C16,C2,C21,C23,C24,C33,C51,C59,C71,C82,C9
Chr6:18470204 G GA 1bp_insertion frameshift_variant 29 A16,B118,B119,B120,B122,B126,B128,B133,B136,B138,B38,B41,B43,B48,B69,B79,B84,B99,C15,C16,C2,C21,C24,C33,C51,C59,C71,C82,C9
Chr6:18470224 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 31 A10,A5,B109,B114,B120,B20,B28,B36,B43,B49,B50,B55,B66,B86,B90,B92,B93,C33,C34,C35,C40,C53,C57,C60,C66,C77,C78,C79,C86,D2,D5

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057914827.1
ATGCGTCGTACCAGGAGTGCAGGTAACGAAGATCTCTTGTTTAACGAGGAGGTTGAGAGACTTGCTCGACAGAACAACGCTGCTAGACGCAGGGCAGAGCAAGAGGCACAAGCCAGAGAGAGACAGTTACAAACCAGAGAGAGGCAGAGAGTAGCAGAGGGAGAGATGGCGGATAATCCAAAGGGGCAGAATGCCAATGCAAACAAAACACTCCGAGACATGATGTTTCCAAGCAACCTGAACCTCCGGCCCTCAGCCAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130990602
ATGCGTCGTACCAGGAGTGCAGGTAACGAAGATCTCTTGTTTAACGAGGAGGTTGAGAGACTTGCTCGACAGAACAACGCTGCTAGACGCAGGGCAGAGCAAGAGGCACAAGCCAGAGAGAGACAGTTACAAACCAGAGAGAGGCAGAGAGTAGCAGAGGGAGAGATGGCGGATAATCCAAAGGGGCAGAATGCCAATGCAAACAAAACACTCCGAGACATGATGTTTCCAAGCAACCTGAACCTCCGGCCCTCAGCCAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057770810.1
MRRTRSAGNEDLLFNEEVERLARQNNAARRRAEQEAQARERQLQTRERQRVAEGEMADNPKGQNANANKTLRDMMFPSNLNLRPSAIVLPEITGNWELKHTLIQILPKYSDMPGEDPQRHLQDFEMACGTVRTASPALGEYIRLLTFPFSLLEGAREWLYDLPEGSIRTWQELQSKFLERYFPVARIQNLRTRISNIKMGSTEVLYEYWGRFKQMLAKCPQHQIPDHDLIRYFVGGLRRQDRQWLHAACGGSILNKSAAE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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